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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pa7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of FKBP from plasmodium vivax in complex with tetrapeptide ALPF | ||||||
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![]() | ISOMERASE / Plasmodium vivax / FKBP35 / PPIase / FK506 binding protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Balakrishna, A.M. / Alag, R. / Yoon, H.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into substrate binding by PvFKBP35, a peptidylprolyl cis-trans isomerase from the human malarial parasite Plasmodium vivax 著者: Alag, R. / Balakrishna, A.M. / Rajan, S. / Qureshi, I.A. / Shin, J. / Lescar, J. / Gruber, G. / Yoon, H.S. #1: ![]() タイトル: NMR and crystallographic structures of the FK506 binding domain of human malarial parasite Plasmodium vivax FKBP35 著者: Alag, R. / Qureshi, I.A. / Bharatham, N. / Shin, J. / Lescar, J. / Yoon, H.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 5 - 125 / Label seq-ID: 5 - 125
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13971.687 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-126 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: SALVADOR I / 遺伝子: PVX_101260 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 446.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.99 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 100mM BICINE, 2.4M Ammonium sulfate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年7月30日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.61→30 Å / Num. obs: 6670 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 49.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Net I/σ(I): 22.03 |
反射 シェル | 解像度: 2.61→2.74 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.028 / Mean I/σ(I) obs: 22.03 / Num. unique all: 6660 / % possible all: 89.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3IHZ 解像度: 2.61→24.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 35.665 / SU ML: 0.345 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.483 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.51 Å2 / Biso mean: 41.4839 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.61→24.12 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 934 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.607→2.674 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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