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- PDB-3p9w: Crystal structure of an engineered human autonomous VH Domain in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p9w
タイトルCrystal structure of an engineered human autonomous VH Domain in complex with VEGF
要素
  • Vascular endothelial growth factor A
  • human VEGF
キーワードSIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VH / Cystine Knot Cytokine / VEGF-R / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / negative regulation of adherens junction organization / post-embryonic camera-type eye development / positive regulation of mast cell chemotaxis / lymph vessel morphogenesis / primitive erythrocyte differentiation / negative regulation of blood-brain barrier permeability / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / positive regulation of epithelial tube formation / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / motor neuron migration / positive regulation of trophoblast cell migration / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / endothelial cell chemotaxis / lung vasculature development / vascular wound healing / positive regulation of protein localization to early endosome / eye photoreceptor cell development / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / camera-type eye morphogenesis / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / neuropilin binding / induction of positive chemotaxis / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / positive regulation of vascular permeability / commissural neuron axon guidance / dopaminergic neuron differentiation / tube formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of blood vessel branching / platelet-derived growth factor receptor binding / surfactant homeostasis / retinal ganglion cell axon guidance / sprouting angiogenesis / cell migration involved in sprouting angiogenesis / extracellular matrix binding / endothelial cell proliferation / epithelial cell maturation / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of positive chemotaxis / cardiac muscle cell development / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / artery morphogenesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of fat cell differentiation / positive chemotaxis / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / mesoderm development / outflow tract morphogenesis / monocyte differentiation / fibronectin binding / positive regulation of cell division / positive regulation of receptor internalization / macrophage differentiation / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mammary gland alveolus development / positive regulation of focal adhesion assembly / neuroblast proliferation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / heart morphogenesis / vasculogenesis / cell maturation / ovarian follicle development / lactation / positive regulation of endothelial cell proliferation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / epithelial cell differentiation / homeostasis of number of cells within a tissue / extracellular matrix
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family ...Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Ma, X. / Wiesmann, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Design of Synthetic Autonomous VH Domain Libraries and Structural Analysis of a VH Domain Bound to Vascular Endothelial Growth Factor.
著者: Ma, X. / Barthelemy, P.A. / Rouge, L. / Wiesmann, C. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2010年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月18日Group: Other
改定 1.22013年3月27日Group: Database references
改定 1.32013年4月3日Group: Database references
改定 1.42013年6月12日Group: Database references
改定 1.52013年6月19日Group: Database references
改定 1.62024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vascular endothelial growth factor A
B: human VEGF
C: Vascular endothelial growth factor A
D: human VEGF
E: Vascular endothelial growth factor A
F: human VEGF
G: Vascular endothelial growth factor A
H: human VEGF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,5178
ポリマ－103,5178
非ポリマー00
水7,909439
1
A: Vascular endothelial growth factor A
B: human VEGF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8792
ポリマ－25,8792
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Vascular endothelial growth factor A
D: human VEGF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8792
ポリマ－25,8792
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Vascular endothelial growth factor A
F: human VEGF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8792
ポリマ－25,8792
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Vascular endothelial growth factor A
H: human VEGF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8792
ポリマ－25,8792
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.727, 132.908, 175.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Vascular endothelial growth factor A / engineered human autonomous VH Domain / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF


分子量: 12421.224 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 7-110 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RP1-261G23.1-009, VEGF, VEGFA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P15692
#2: 抗体
human VEGF


分子量: 13457.903 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10 %(w/v) PEG 4000, 20 %(w/v) Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月18日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 44934 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 47.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 4512 / Rsym value: 0.326 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.41→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 6.448 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23332 2277 5.1 %RANDOM
Rwork0.19341 ---
obs0.19548 42491 91.65 %-
all-44896 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.099 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.99 Å20 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----1.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6911 0 0 439 7350
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0227104
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0141.959625
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5625867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.23823.503334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.127151162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9031544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2999
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0215474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2431.54327
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.35826976
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.41432777
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4334.52649
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.406→2.469 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 159 -
Rwork0.292 2871 -
obs--85.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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