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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p9a
タイトルAn atomic view of the nonameric small terminase subunit of Bacteriophage P22
要素DNA-packaging protein gp3
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Terminase small subunit / DNA Packaging / bacteriophage P22
機能・相同性
機能・相同性情報


viral terminase, small subunit / viral terminase complex / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #80 / DNA-packaging protein gp3 / DNA-packaging protein gp3 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Terminase, small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage P22 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.755 Å
データ登録者Bhardwaj, A. / Roy, A. / Cingolani, G.
引用ジャーナル: Structure / : 2012
タイトル: Small terminase couples viral DNA binding to genome-packaging ATPase activity.
著者: Roy, A. / Bhardwaj, A. / Datta, P. / Lander, G.C. / Cingolani, G.
履歴
登録2010年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22012年8月29日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-packaging protein gp3
B: DNA-packaging protein gp3
C: DNA-packaging protein gp3
D: DNA-packaging protein gp3
E: DNA-packaging protein gp3
F: DNA-packaging protein gp3
G: DNA-packaging protein gp3
H: DNA-packaging protein gp3
I: DNA-packaging protein gp3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,0759
ポリマ-168,0759
非ポリマー00
25,1671397
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34960 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area54030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.480, 100.900, 89.847
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DNA-packaging protein gp3 / Terminase small subunit


分子量: 18675.049 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Bacteriophage P22
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P22 (ファージ)
遺伝子: 3 / プラスミド: pMAL-2ce / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P04893
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1397 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Potassium Thiocyanate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X6A10.98
シンクロトロンCHESS F120.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月10日
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 126076 / % possible obs: 93.5 % / Biso Wilson estimate: 23.9 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.674 / % possible all: 62.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.3_473)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.755→14.997 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2165 3606 1.59 %Random
Rwork0.1773 ---
obs0.178 126076 84.83 %-
all-126076 --
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.509 Å2 / ksol: 0.398 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.8147 Å2-0 Å26.2465 Å2
2---8.7148 Å2-0 Å2
3---2.9001 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.755→14.997 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9761 0 0 1397 11158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069987
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91813556
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3483656
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661460
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041757
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7553-1.77840.3672670.33183548X-RAY DIFFRACTION35
1.7784-1.80270.3796850.30534529X-RAY DIFFRACTION45
1.8027-1.82840.3585850.29215234X-RAY DIFFRACTION52
1.8284-1.85570.2683800.27175705X-RAY DIFFRACTION56
1.8557-1.88460.3094990.26366242X-RAY DIFFRACTION62
1.8846-1.91540.2891080.25547039X-RAY DIFFRACTION69
1.9154-1.94840.31241200.24098042X-RAY DIFFRACTION79
1.9484-1.98380.24741350.21828578X-RAY DIFFRACTION85
1.9838-2.02180.27441430.20758941X-RAY DIFFRACTION89
2.0218-2.0630.23621690.18919209X-RAY DIFFRACTION91
2.063-2.10770.23391330.19169366X-RAY DIFFRACTION92
2.1077-2.15660.221670.18339328X-RAY DIFFRACTION93
2.1566-2.21040.22231460.18479567X-RAY DIFFRACTION94
2.2104-2.270.22911440.18349494X-RAY DIFFRACTION93
2.27-2.33650.22321660.16739573X-RAY DIFFRACTION95
2.3365-2.41160.21561560.17489680X-RAY DIFFRACTION96
2.4116-2.49750.22831690.18249816X-RAY DIFFRACTION97
2.4975-2.5970.27551360.18379858X-RAY DIFFRACTION97
2.597-2.71450.21561740.18099855X-RAY DIFFRACTION98
2.7145-2.85670.23021590.17619886X-RAY DIFFRACTION98
2.8567-3.03430.22021590.17049993X-RAY DIFFRACTION98
3.0343-3.26630.2071450.169710030X-RAY DIFFRACTION99
3.2663-3.59090.20311730.167310038X-RAY DIFFRACTION99
3.5909-4.10120.18561690.14989959X-RAY DIFFRACTION99
4.1012-5.13250.1561620.13849940X-RAY DIFFRACTION98
5.1325-14.99780.20051570.17739848X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8282-0.2704-1.16731.41761.30022.27710.30210.22870.08440.1208-0.25440.1655-0.1475-0.3667-0.02680.19940.06230.02410.2356-0.03820.24165.9823105.15136.4192
20.70150.87120.8941.27871.0961.05530.2734-0.2047-0.02140.6762-0.0347-0.26030.3083-0.0412-0.26710.3919-0.039-0.06530.2429-0.01490.174718.476186.532547.2307
31.3517-0.7673-1.43252.3451.97142.43430.41940.40790.1023-0.4121-0.62670.0801-0.3526-0.7310.17980.20590.11650.01660.3862-0.0770.20186.7987101.789128.4761
40.463-0.4118-0.68230.77570.63591.20960.11240.0887-0.0056-0.16-0.08150.0205-0.0863-0.2083-0.00710.15590.00790.00460.1657-0.00370.124919.050389.729517.7919
50.0611-0.23250.12693.0375-0.0911.60630.04130.0448-0.00430.7326-0.23610.5247-0.0019-0.2050.13720.2893-0.05290.07690.1758-0.06370.2099-0.541580.172144.8965
60.4245-0.1244-0.34872.44840.12940.75430.09570.1056-0.1407-0.0069-0.09910.44920.0036-0.14560.07510.2014-0.02180.01060.2353-0.03640.2176-3.834380.103336.938
73.1722-0.1284-1.79210.7526-0.84932.15-0.4148-0.0090.7983-0.29770.4988-0.1323-0.58150.0405-0.03291.63580.2544-0.42150.7266-0.16190.762-15.804294.191727.8066
80.7738-0.06-0.87890.1783-0.2392.02150.01980.12510.0304-0.105-0.06760.0687-0.3923-0.17560.05210.17040.0016-0.0220.1597-0.02680.1348.083985.204822.7713
91.11580.4726-0.64870.54220.17641.2449-0.1694-0.064-0.0852-0.10840.06430.12250.1886-0.10410.10530.1935-0.02220.0450.17040.03830.2224-9.555857.370340.4771
100.2916-0.39430.15010.5578-0.1050.8396-0.179-0.28970.17610.27050.1052-0.07850.15630.24340.0490.2170.0733-0.00820.33560.01620.231316.828160.700247.9636
110.82650.2036-0.04121.1897-0.13921.772-0.09430.0877-0.0277-0.15870.04850.15380.1217-0.16250.04490.1577-0.00290.02810.14370.01340.1754-6.584661.221434.3082
120.08280.0902-0.18890.7826-0.65180.82980.02540.05630.0675-0.07890.01110.07890.00990.0482-0.03010.154-0.01310.00530.1503-0.00540.14315.762674.033523.8464
134.3597-2.3614-0.80523.9213-0.27725.10830.3264-0.4228-0.69140.4309-0.61180.61771.38780.85440.39190.80140.1290.21650.27390.08740.265420.180138.808133.649
141.69880.08020.47010.4116-0.45381.8480.03530.02-0.52760.0095-0.07220.15830.95030.0341-0.05720.40370.02260.03250.14110.01740.202713.85844.983135.7295
151.7681-0.6969-0.2020.7017-0.18020.32750.03360.2366-0.1679-0.1806-0.09160.06030.2972-0.06480.1580.881-0.14960.02650.3387-0.11510.5529-3.487239.881121.4067
160.3647-0.2003-0.02741.053-0.43571.02450.00050.0152-0.0458-0.11140.04330.21570.2077-0.1318-0.04460.1333-0.0261-0.01720.16620.00380.1696.72961.400223.0208
171.49121.47480.54411.59750.66540.59160.1168-0.1039-0.19490.3401-0.154-0.20580.15630.09530.02150.19140.0158-0.070.14170.03580.146134.847742.825427.3667
181.03090.6070.42280.82720.0380.3078-0.20710.2218-0.0084-0.09090.1966-0.0743-0.0648-0.02910.04950.2622-0.00960.00490.2141-0.02930.202224.366732.189710.515
190.6521-0.8140.04050.80830.03530.4392-0.03370.0427-0.0447-0.05060.01370.23330.061-0.05130.01450.13560.00450.00230.14110.00660.134120.166248.346721.0606
200.30470.26280.35723.2825-1.92662.1866-0.06790.33530.0299-0.34380.25390.82370.1514-0.3103-0.24650.13910.0097-0.08040.29240.05080.23872.821176.03917.5542
213.54172.36580.53961.9358-0.4812.4174-0.08640.9013-1.14120.3509-0.0709-0.9427-0.32370.0549-0.06240.27590.18330.05040.6137-0.07160.625356.960352.102111.2572
221.58840.33751.06532.03060.28171.04170.05950.2196-0.10160.25190.0608-0.51110.19650.4575-0.09910.11240.0232-0.0340.22220.01160.228848.042156.515322.9257
237.41260.8593-0.1881.4755-0.62011.34960.56092.23630.2542-0.39650.2387-0.14150.5891.1754-0.65170.40880.1641-0.04260.9926-0.22770.322745.00344.02720.8147
241.6671-0.07680.44590.20050.13370.37390.01550.09990.0112-0.0276-0.0363-0.01280.0831-0.00720.00960.1539-0.0019-0.0150.15530.01120.155228.360155.799513.5791
250.9771-0.7203-0.72063.72250.58511.9011-0.5122-0.03430.5509-0.27940.4955-0.8189-0.1030.6952-0.13240.2137-0.07280.0110.41950.0470.365460.864280.66468.9745
261.6165-0.5973-0.41561.81420.12851.0553-0.1715-0.23690.02920.19370.025-0.09380.05020.31390.12910.0897-0.0023-0.05730.16190.00310.103452.429675.285118.1114
270.2647-0.7052-0.65765.88020.63526.6583-0.1715-0.131-0.2178-0.18090.40240.3666-0.08421.6146-0.55630.37170.08250.03630.4994-0.00310.266156.252868.0936-7.1788
280.86770.5315-0.16550.36940.07260.3820.02210.0985-0.0547-0.0657-0.0156-0.02570.03480.0529-0.00490.16640.0117-0.01720.1701-0.0040.15336.280465.60139.7274
291.8788-0.4101-0.63830.74961.23262.42510.0834-0.20850.4403-0.11310.0894-0.2299-0.26180.1689-0.16710.2107-0.0533-0.00830.1972-0.01940.258949.033897.576716.9765
301.0129-0.6423-0.84131.2920.4491.6206-0.0827-0.26630.15340.30830.0221-0.1587-0.07050.06160.07040.214-0.0327-0.03990.2258-0.06080.157641.131291.674228.1229
311.70520.324-0.50621.31831.14351.3860.10750.2564-0.0773-0.5646-0.04390.1089-0.63750.1258-0.05630.3402-0.00920.0460.19530.00670.163848.904294.4647-0.1284
320.31640.37310.23810.58850.46420.24720.03330.0003-0.0295-0.0406-0.0222-0.04570.0353-0.0229-0.01820.162-0.0033-0.02990.1442-0.0040.138933.988476.083410.9699
331.1465-0.04070.00610.3789-0.61711.50620.34510.02330.09470.1053-0.18410.5431-0.4643-0.1802-0.11930.2247-0.00670.05280.1522-0.05350.364523.806114.1724.0915
340.78820.2563-0.11610.71250.47460.70740.056-0.14930.21580.1208-0.1263-0.04040.03790.0060.07710.1959-0.03960.03770.1604-0.07720.229428.4538101.393328.2904
359.3013.5063-1.20672.2481-1.02212.37560.27690.8949-0.89210.7376-0.1637-0.5514-0.12450.0594-0.23220.47570.03270.00440.2601-0.04920.319229.3925112.124.9178
360.3969-0.0874-0.29881.11540.55880.43980.02840.03150.0938-0.17820.00290.068-0.1059-0.0379-0.02360.17720.0106-0.02220.14750.00880.143129.594988.171712.6536
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:36)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 37:57)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 58:94)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 95:139)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 8:57)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 58:86)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 87:91)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 92:139)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 7:36)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 37:57)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 58:96)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 97:139)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 5:13)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 14:80)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain D and resid 81:91)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 92:139)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain E and resid 8:80)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain E and resid 81:90)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain E and resid 91:130)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain E and resid 131:139)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain F and resid 6:23)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain F and resid 24:80)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain F and resid 81:91)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain F and resid 92:139)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain G and resid 7:23)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain G and resid 24:86)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain G and resid 87:91)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain G and resid 92:139)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain H and resid 8:48)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain H and resid 49:80)
31X-RAY DIFFRACTION31(chain H and resid 81:98)
32X-RAY DIFFRACTION32(chain H and resid 99:139)
33X-RAY DIFFRACTION33(chain I and resid 8:23)
34X-RAY DIFFRACTION34(chain I and resid 24:86)
35X-RAY DIFFRACTION35(chain I and resid 87:91)
36X-RAY DIFFRACTION36(chain I and resid 92:139)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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