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万見
- PDB-3p91: Crystal structure of Proliferating Cellular Nuclear Antigen from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p91
タイトルCrystal structure of Proliferating Cellular Nuclear Antigen from Entamoeba histolytica
要素Proliferating cell nuclear antigen
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA replication / processivity / sliding clamp
機能・相同性
機能・相同性情報


PCNA complex / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / translesion synthesis / mismatch repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lara-Gonzalez, S. / Cardona-Felix, C.S. / Brieba, L.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structure and biochemical characterization of proliferating cellular nuclear antigen from a parasitic protozoon.
著者: Cardona-Felix, C.S. / Lara-Gonzalez, S. / Brieba, L.G.
履歴
登録2010年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proliferating cell nuclear antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8231
ポリマ－28,8231
非ポリマー00
水1,53185
1
A: Proliferating cell nuclear antigen

A: Proliferating cell nuclear antigen

A: Proliferating cell nuclear antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4693
ポリマ－86,4693
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area31440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.090, 141.090, 49.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Proliferating cell nuclear antigen


分子量: 28822.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM-1:IMSS / 遺伝子: EHI_128450 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RP / 参照: UniProt: C4M9R9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.4 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M Sodium citrate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月29日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.266
反射解像度: 2.4→26.664 Å / Num. all: 16172 / Num. obs: 14275 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 33.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.4-2.533.90.1574.6807520870.157100
2.53-2.683.90.1325.5777219990.132100
2.68-2.873.90.1116.1720118520.111100
2.87-3.13.90.0986.7658916940.098100
3.1-3.393.90.0936.6627216050.093100
3.39-3.793.90.0946.6565014370.094100
3.79-4.383.90.0856.8496812710.085100
4.38-5.373.90.0748.6417110630.074100
5.37-7.593.90.0817.832408250.081100
7.59-26.6633.80.0598.716674420.05997.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 50.39 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å26.66 Å
Translation2.5 Å26.66 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VYM

1vym


解像度: 2.4→26.663 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.13 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1933 713 4.99 %RANDOM
Rwork0.1481 ---
obs0.1507 14234 99.97 %-
all-14275 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.012 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 67.45 Å2 / Biso mean: 28.1057 Å2 / Biso min: 16.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.3253 Å2-0 Å20 Å2
2---12.3253 Å2-0 Å2
3---24.6505 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→26.663 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1754 0 0 85 1839
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071775
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0272401
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003303
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.697611
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 95 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs
2.4-2.58810.23641430.2079270828512708
2.5881-2.84820.23061450.1884269628412696
2.8482-3.25950.23621370.1698271728542717
3.2595-4.10340.1691460.1278269628422696
4.1034-24.35960.16771420.1187270428462704

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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