PDB-3p8s: Crystal structure of single chain recombinant jacalin showing hig...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p8s

タイトル

Crystal structure of single chain recombinant jacalin showing highly dynamic posttranslational excission loop that reduces binding affinity

要素

Jacalin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Recombinant Jacalin / Hemeagglutinin / Sugars

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Artocarpus heterophyllus (ジャックフルーツ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Sharma, U. / Ahmed, N. / Krishnasastry, M.V. / Suresh, C.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Single Chain Recombinant Jacalin Showin Highly Dynamic Posttranslational Excission Loop that Reduce Binding Affinity
著者: Sharma, U. / Ahmed, N. / Krishnasastry, M.V. / Suresh, C.G.

履歴

登録	2010年10月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p8s.cif.gz	125.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p8s.ent.gz	99.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p8s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/3p8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/3p8s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jacS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ws4-d 4ak4-3 5jm1-d 1tp8-d 4akb-d 4wog-d 1uh1-1 1uh1-2 1ugy-d 5j51-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Jacalin

B: Jacalin

33.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Jacalin

B: Jacalin

A: Jacalin

B: Jacalin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.878, 42.157, 73.586
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 122.39, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Jacalin 分子量: 16966.031 Da / 分子数: 2 / 断片: beta-chain, alpha-chain / 変異: F112L,Y210C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Artocarpus heterophyllus (ジャックフルーツ) 遺伝子: PSK3-JA3 / プラスミド: PT7NC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38723
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium acetate buffer, 15%(w/v) PEG 8000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月26日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→62.6 Å / Num. obs: 19935 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 1.13 % / B_iso Wilson estimate: 19 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 1.13 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Mean I/σ(I) obs: 11.6 / Num. unique all: 19935 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JAC

1jac

解像度: 2→56.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 7.409 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2115	1022	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17843	-	-	-
obs	0.18013	18885	93.97 %	-
all	-	19935	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.286 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→56.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2318	0	0	105	2423

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	2376
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.184	1.956	3225
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.495	5	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.79	24.526	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.616	15	370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.004	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1802
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.588	1.5	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.135	2	2393
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.6	3	894
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.632	4.5	832
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.998→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	51	-
R_work	0.198	1022	-
obs	-	18885	68.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8068	0.2472	0.0549	0.2587	0.1423	1.1395	-0.0106	0.1866	-0.0775	0.0491	0.0449	-0.0365	-0.0614	0.0143	-0.0344	0.0415	0.0006	0.0078	0.0647	-0.0279	0.0325	21.4192	20.3937	40.3136
2	1.2582	0.1385	0.0896	0.2629	-0.1717	0.9244	0.0615	0.059	-0.0401	0.0227	0.0358	-0.0029	-0.0479	-0.1161	-0.0973	0.0308	0.018	-0.0026	0.0222	0.0143	0.0651	-0.4897	18.4395	54.8326

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 157
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 157

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)