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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3p8a | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a hypothetical protein from Staphylococcus aureus | ||||||
![]() | uncharacterized protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / mainly antiparallel beta sheets / alpha and beta protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() Immunoglobulin-like - #4320 / Glyoxalase-like domain / Glyoxalase-like domain / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lam, R. / Qiu, W. / Battaile, K. / Lam, K. / Romanov, V. / Chan, T. / Pai, E. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a hypothetical protein from Staphylococcus aureus 著者: Qiu, W. / Lam, R. / Battaile, K. / Lam, K. / Romanov, V. / Chan, T. / Pai, E. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 100.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 478.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 486.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 32572.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SA2664 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 292分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.89 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 10 % PEG5KMME, 5 % Tacsimate, 0.1 M Bis-Tris, 0.01 M MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97923 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 37499 / Num. obs: 37456 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 18.56 Å2 / Rsym value: 0.0931 / Net I/σ(I): 17.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 11.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 5138 / Rsym value: 0.361 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.19 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.303 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→47.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.01 Å / Total num. of bins used: 18
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