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万見
- PDB-3p7n: Crystal structure of light activated transcription factor El222 f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p7n
タイトルCrystal structure of light activated transcription factor El222 from Erythrobacter litoralis
要素Sensor histidine kinase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / LOV domain / light-activated transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain ...LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Light-activated DNA-binding protein EL222
類似検索 - 構成要素
生物種Erythrobacter litoralis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者McNulty, R. / Luecke, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural basis of photosensitivity in a bacterial light-oxygen-voltage/helix-turn-helix (LOV-HTH) DNA-binding protein.
著者: Nash, A.I. / McNulty, R. / Shillito, M.E. / Swartz, T.E. / Bogomolni, R.A. / Luecke, H. / Gardner, K.H.
履歴
登録2010年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor histidine kinase
B: Sensor histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0034
ポリマ－57,0902
非ポリマー9132
水1,63991
1
A: Sensor histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0022
ポリマ－28,5451
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sensor histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0022
ポリマ－28,5451
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.044, 81.595, 65.478
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sensor histidine kinase


分子量: 28545.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Erythrobacter litoralis (バクテリア)
株: HTCC2594 / 遺伝子: ELI_04755 / プラスミド: pET/100D TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q2NB98
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 8000, 0.1M MOPS pH 7.0, 0.1M ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月3日
放射モノクロメーター: Bl9-1 MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→36.93 Å / Num. all: 22731 / Num. obs: 22731 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.68 % / Biso Wilson estimate: 31.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 10.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_417)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PR5 1YIO

2pr5

1yio


解像度: 2.1→34.595 Å / SU ML: 0.42 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3285 1092 4.93 %Random
Rwork0.2626 ---
obs0.2659 22135 97.31 %-
all-22731 --
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.387 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.872 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.6889 Å2-0 Å20.8317 Å2
2---11.5337 Å20 Å2
3----6.1553 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.595 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2964 0 62 91 3117
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033072
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7794168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3031156
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055486
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002526
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.1-2.19560.49131210.44522506262792
2.1956-2.31130.41561330.37772521265494
2.3113-2.45610.42081380.32182573271196
2.4561-2.64570.37121520.29922623277598
2.6457-2.91180.36491330.28022679281299
2.9118-3.33280.33751450.264926842829100
3.3328-4.19790.30811320.21527142846100
4.1979-34.59990.25691380.21927432881100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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