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- PDB-3p7h: Structure of the human Langerin carbohydrate recognition domain i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p7h
タイトルStructure of the human Langerin carbohydrate recognition domain in complex with maltose
要素C-type lectin domain family 4 member K
キーワードIMMUNE SYSTEM / C-type lectin / membrane protein / glycoprotein / Langerin / DC-SIGN / Carbohydrate binding protein / Calcium binding / sugar binding / Langerhans cells / CD207
機能・相同性
機能・相同性情報


Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / pattern recognition receptor activity / D-mannose binding / endocytic vesicle / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / carbohydrate binding / early endosome membrane / defense response to virus / immune response / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) ...CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / C-type lectin domain family 4 member K
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Skerra, A. / Schiefner, A.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2008
タイトル: The carbohydrate recognition domain of Langerin reveals high structural similarity with the one of DC-SIGN but an additional, calcium-independent sugar-binding site.
著者: Chatwell, L. / Holla, A. / Kaufer, B.B. / Skerra, A.
履歴
登録2010年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年11月3日ID: 3BC6
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-type lectin domain family 4 member K
B: C-type lectin domain family 4 member K
C: C-type lectin domain family 4 member K
D: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,94012
ポリマ－67,4114
非ポリマー1,5308
水3,675204
1
A: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2353
ポリマ－16,8531
非ポリマー3822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2353
ポリマ－16,8531
非ポリマー3822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2353
ポリマ－16,8531
非ポリマー3822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2353
ポリマ－16,8531
非ポリマー3822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.970, 79.970, 90.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42

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要素

#1: タンパク質
C-type lectin domain family 4 member K / Langerin


分子量: 16852.633 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain (UNP Residues 193-328) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD207, CLEC4K, Leucocyte cDNA / プラスミド: pLA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: Q9UJ71
#2: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: Protein: 10mg/ml Langerin in 10 mM Tris/HCl pH 7.5, 5 mM Maltose; Reservoir: 0.1 M Na-cacodylate, 13 %(w/v) PEG4000, 0.1 M MgCl2, 5mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月15日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 25136 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.188 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique all: 2991 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3P7G

3p7g


解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 13.666 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.388 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22863 1280 5.1 %RANDOM
Rwork0.18077 ---
obs0.18318 23863 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.571 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4273 0 96 204 4573
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224551
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.361.9466217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6445521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.56424.22218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.4215663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3511512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5471.52618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0912.54222
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4353.51933
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.027101995
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 97 -
Rwork0.278 1753 -
obs--97.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6554-0.5417-1.30192.7975-0.42465.1057-0.01830.0282-0.0819-0.2329-0.05380.10080.08610.02790.0720.08730.0151-0.08890.0437-0.01910.10676.952715.7419-34.1143
23.62180.27020.62381.7349-0.24952.5099-0.07470.16560.4572-0.279-0.01130.2377-0.30180.00350.08590.15270.0255-0.09690.0974-0.01520.17215.226325.8021-33.9579
317.055215.1383.653913.4413.24190.78451.2818-0.1164-3.09791.3081-0.3841-2.73330.3572-0.0145-0.89770.82170.2753-0.39020.5786-0.15780.619528.94734.4137-28.8688
43.64580.04220.7074.0019-0.14533.03120.04410.11320.1118-0.1574-0.1734-0.0377-0.01770.07950.12940.06660.00650.00590.08460.01250.008431.397926.0397-31.7639
53.9040.80110.72463.19930.41659.4394-0.06350.3028-0.2364-0.3546-0.0428-0.24040.33420.3470.10630.08410.01710.0710.1183-0.00640.162537.306314.6543-36.0788
61.85292.064-0.53643.0925-2.06893.89130.0020.00940.04050.0236-0.0884-0.1374-0.16290.1050.08640.0395-0.0430.03570.13040.01820.100434.040926.5056-30.1649
74.00520.5571-0.39321.6429-0.57084.3194-0.0656-0.1542-0.0630.15380.0062-0.08070.18120.03920.05950.06970.0057-0.01810.03010.01920.048631.632515.0901-5.4249
812.3601-3.48780.973911.7623.62381.4955-0.0352-0.33591.3109-0.3442-0.2131-0.095-0.1697-0.18260.24830.17390.075-0.03750.1641-0.03170.178623.990728.7099-7.3616
95.1151-0.06530.87332.02230.13623.0044-0.0146-0.15260.67890.1261-0.0194-0.1296-0.1594-0.02430.0340.09010.0125-0.03930.0699-0.0020.12433.441123.2202-5.5366
103.0061-0.5758-0.06254.42661.68524.427-0.0083-0.3160.20280.1408-0.18920.2059-0.2899-0.05690.19750.08010.00060.04130.0918-0.00240.08514.268427.4661-5.9155
118.06470.52122.61917.2897-2.18295.23890.17880.2895-0.5982-0.4509-0.1111-0.120.67050.3653-0.06770.13520.02070.02680.10690.02820.102711.538213.279-11.2686
123.118-0.6943-0.5964.65990.16474.7352-0.0954-0.2232-0.44380.3677-0.080.31830.3972-0.1150.17540.0945-0.00080.07840.13680.02130.15772.43116.7786-6.0426
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A198 - 262
2X-RAY DIFFRACTION2A263 - 322
3X-RAY DIFFRACTION3A323 - 332
4X-RAY DIFFRACTION4B196 - 275
5X-RAY DIFFRACTION5B276 - 305
6X-RAY DIFFRACTION6B306 - 325
7X-RAY DIFFRACTION7C198 - 259
8X-RAY DIFFRACTION8C260 - 279
9X-RAY DIFFRACTION9C280 - 331
10X-RAY DIFFRACTION10D196 - 253
11X-RAY DIFFRACTION11D254 - 275
12X-RAY DIFFRACTION12D276 - 325

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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