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万見
- PDB-3p6h: Human adipocyte lipid-binding protein FABP4 in complex with (S)-i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p6h
タイトルHuman adipocyte lipid-binding protein FABP4 in complex with (S)-ibuprofen
要素Fatty acid-binding protein, adipocyte
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / lipocalin / beta barrel / fatty acid binding protein / drug / nonsteroidal anti-inflammatory drug
機能・相同性
機能・相同性情報


hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / cellular response to lithium ion / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / long-chain fatty acid transport / fatty acid transport / brown fat cell differentiation / lipid droplet ...hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / cellular response to lithium ion / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / long-chain fatty acid transport / fatty acid transport / brown fat cell differentiation / lipid droplet / cholesterol homeostasis / fatty acid binding / response to bacterium / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of inflammatory response / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of cold-induced thermogenesis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / negative regulation of DNA-templated transcription / extracellular exosome / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IBUPROFEN / Fatty acid-binding protein, adipocyte
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Gonzalez, J.M. / Pozharski, E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Structural analysis of ibuprofen binding to human adipocyte fatty-acid binding protein (FABP4).
著者: Gonzalez, J.M. / Fisher, S.Z.
履歴
登録2010年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年2月11日Group: Database references
改定 1.32015年2月25日Group: Database references
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, adipocyte
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6922
ポリマ－15,4861
非ポリマー2061
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.328, 53.380, 75.031
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, adipocyte / Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / Adipocyte-type fatty acid-binding protein / A-FABP / AFABP ...Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / Adipocyte-type fatty acid-binding protein / A-FABP / AFABP / Fatty acid-binding protein 4


分子量: 15485.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP4 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15090
#2: 化合物 ChemComp-IBP / IBUPROFEN / 2-(4-ISOBUTYLPHENYL)PROPIONIC ACID


分子量: 206.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18O2 / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M sodium citrate, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.06→43.5 Å / Num. all: 58556 / Num. obs: 58556 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.06-1.123.80.72510.725194.3
1.12-1.184.30.5381.30.538197.1
1.18-1.276.50.4731.50.473199.5
1.27-1.376.50.3491.90.349199.1
1.37-1.56.50.2592.40.259199.2
1.5-1.686.60.1793.20.179199.8
1.68-1.946.50.1313.90.1311100
1.94-2.378.50.1393.80.1391100
2.37-3.3510.70.1065.20.106199.9
3.35-37.5168.60.087.10.08198.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.15→43.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.636 / SU ML: 0.033 / SU R Cruickshank DPI: 0.0386 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.191 2355 5.1 %
Rwork0.158 --
obs0.16 46490 99 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6 Å20 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3----1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→43.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1072 0 15 172 1259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0221227
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0140.02854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.011.9721663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0213.0012098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3165166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.38424.89849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.5215247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.104157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02239
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1971.5761
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7341.5317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.35521246
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8243466
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.774.5412
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.0432081
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.18 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 157 -
Rwork0.241 3144 -
obs--96.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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