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万見
- PDB-3p3k: The crystal structure of translationally controlled tumor protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p3k
タイトルThe crystal structure of translationally controlled tumor protein (TCTP) of Plasmodium falciparum
要素Translationally-controlled tumor protein homolog
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Mainly Beta
機能・相同性
機能・相同性情報


food vacuole / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translationally controlled tumour protein, conserved site / Translationally controlled tumor protein (TCTP) domain signature 2. / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Translationally controlled tumour protein / Translationally controlled tumour protein (TCTP) domain / Translationally controlled tumour protein / Translationally controlled tumor protein (TCTP) domain profile. / Mss4/translationally controlled tumour-associated TCTP / Mss4-like superfamily / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A ...Translationally controlled tumour protein, conserved site / Translationally controlled tumor protein (TCTP) domain signature 2. / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Translationally controlled tumour protein / Translationally controlled tumour protein (TCTP) domain / Translationally controlled tumour protein / Translationally controlled tumor protein (TCTP) domain profile. / Mss4/translationally controlled tumour-associated TCTP / Mss4-like superfamily / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Translationally-controlled tumor protein homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.551 Å
データ登録者Eichhorn, T. / Winter, D. / Dirdjaja, N. / Frank, M. / Krauth-Siegel, L. / Granzin, J. / Efferth, T.
引用ジャーナル: Biochem Pharmacol / 年: 2013
タイトル: Molecular interaction of artemisinin with translationally controlled tumor protein (TCTP) of Plasmodium falciparum.
著者: Eichhorn, T. / Winter, D. / Buchele, B. / Dirdjaja, N. / Frank, M. / Lehmann, W.D. / Mertens, R. / Krauth-Siegel, R.L. / Simmet, T. / Granzin, J. / Efferth, T.
履歴
登録2010年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月7日Group: Database references
改定 1.22013年1月9日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translationally-controlled tumor protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6381
ポリマ－21,6381
非ポリマー00
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.858, 61.858, 111.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Translationally-controlled tumor protein homolog / TCTP


分子量: 21638.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: TCTP, PFE0545c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I3Z5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.18 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 21.5 % PEG 4000, 1,6-hexanediol, 50 mM bis-tris methane, 50mM magnesium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月5日 / 詳細: Graphite Monochromator
放射モノクロメーター: Graphite Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→29.8 Å / Num. obs: 7436 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 50.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TXJ

1txj


解像度: 2.551→29.8 Å / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2402 342 4.6 %RANDOM
Rwork0.2157 ---
obs0.2169 7436 98.53 %-
all-7455 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 23.14 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.2733 Å2-0 Å20 Å2
2---3.2733 Å20 Å2
3---6.5465 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.551→29.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1352 0 0 66 1418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021388
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5891863
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.603520
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001238
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Num. reflection RfreeNum. reflection RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.5506-3.21291593450X-RAY DIFFRACTION345098
3.2129-29.8091833644X-RAY DIFFRACTION364499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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