PDB-3p3a: Crystal structure of a putative thiosulfate sulfurtransferase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p3a

タイトル

Crystal structure of a putative thiosulfate sulfurtransferase from Mycobacterium thermoresistible

要素

Thiosulfate sulfurtransferase

キーワード

TRANSFERASE / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / tuberculosis / paratuberculosis / thermostable / Rhodanese / Thiosulfate cyanide transsulfurase / Thiosulfate thiotransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

thiosulfate sulfurtransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium thermoresistibile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Mycobacterium thermoresistibile as a source of thermostable orthologs of Mycobacterium tuberculosis proteins.
著者: Edwards, T.E. / Liao, R. / Phan, I. / Myler, P.J. / Grundner, C.

履歴

登録	2010年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年6月27日	Group: Database references
改定 1.3	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p3a.cif.gz	252.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p3a.ent.gz	204.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p3a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3p3a_validation.pdf.gz	426.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3p3a_full_validation.pdf.gz	428.4 KB	表示
XML形式データ	3p3a_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	3p3a_validation.cif.gz	37.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/3p3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/3p3a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hzuSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4daj-2 3ap2-d 4daj-3 4r73-d 3ny9-d 5x7d-d 1gqw-d 1r10-d 3cg7-d 3pbe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MythA.01241.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thiosulfate sulfurtransferase

B: Thiosulfate sulfurtransferase

71.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.220, 83.370, 146.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Thiosulfate sulfurtransferase 分子量: 35879.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium thermoresistibile (バクテリア) 株: ATCC 19527 / NCTC 10409 / 遺伝子: NODE_3859_LENGTH_3444_COV_7.617015_22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2QRA0*PLUS, thiosulfate sulfurtransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 48.2 mg/mL MythA.01241.a.A1 peak2 PS00652 against Emerald BioSystems Wizard III screen condition 13 B1 8% PEG 4000, 0.1 M NaOAc pH 4.6, with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal ...詳細: 48.2 mg/mL MythA.01241.a.A1 peak2 PS00652 against Emerald BioSystems Wizard III screen condition 13 B1 8% PEG 4000, 0.1 M NaOAc pH 4.6, with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 216651b1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.7 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 48.2 mg/mL MythA.01241.a.A1 peak2 PS00652 against Emerald BioSystems Wizard III screen condition 13 B1 8% PEG 4000, 0.1 M NaOAc pH 4.6, with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 41111 / Num. obs: 40671 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 25.362 Å² / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 14.82

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.1-2.15		0.536	4.1	16229	2987	99.8
2.15-2.21		0.47	4.5	16044	2905	99.9
2.21-2.28		0.384	5.3	15704	2829	99.6
2.28-2.35		0.346	6.3	14713	2746	99
2.35-2.42		0.302	6.6	14730	2658	99.8
2.42-2.51		0.258	7.7	14456	2602	99.7
2.51-2.6		0.223	8.8	13768	2492	99.5
2.6-2.71		0.192	9.9	13343	2414	99.3
2.71-2.83		0.166	11.2	12499	2282	99.2
2.83-2.97		0.126	14	12338	2236	99.3
2.97-3.13		0.108	16	11556	2101	99
3.13-3.32		0.089	18.6	10995	1997	98.9
3.32-3.55		0.068	23.1	9998	1841	98.4
3.55-3.83		0.054	28.4	9401	1752	98.5
3.83-4.2		0.047	31.6	8574	1613	98.1
4.2-4.7		0.04	35.2	7570	1448	96.8
4.7-5.42		0.036	36.2	6954	1295	98
5.42-6.64		0.038	33.5	6021	1099	96.7
6.64-9.39		0.031	37.2	4610	876	95.5
	9.39	0.023	46.7	2475	498	93.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 49.69 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	39.35 Å
Translation	3 Å	39.35 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3hzu

3hzu

解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / WR_factor R_free: 0.1837 / WR_factor R_work: 0.1595 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8535 / SU B: 10.177 / SU ML: 0.119 / SU R Cruickshank DPI: 0.2035 / SU R_free: 0.1664 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2151	2000	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1823	-	-	-
obs	0.1839	40509	98.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.65 Å² / B_iso mean: 21.7541 Å² / B_iso min: 7.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4531	0	0	441	4972

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	4704
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.46	1.946	6448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.578	5	583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.995	23.026	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.354	15	692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.315	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	689
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3730
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.718	1.5	2881
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.303	2	4665
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.9	3	1823
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.137	4.5	1776

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	138	-
R_work	0.231	2831	-
all	-	2969	-
obs	-	-	99.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7078	-0.2373	-0.7422	0.1336	0.0087	2.0064	0.0767	0.014	0.0967	-0.0127	0.0313	-0.0247	-0.0588	-0.0648	-0.1079	0.0616	0.0269	0.015	0.0637	0.0302	0.091	39.4698	51.4494	-2.3317
2	0.8104	-0.3996	0.0538	0.4303	-0.1165	0.1212	0.0448	-0.103	-0.0266	-0.0338	0.0244	-0.0192	-0.0204	-0.0298	-0.0692	0.0581	0.0039	0.0182	0.0904	0.0303	0.0807	41.2864	41.2097	4.2166
3	0.6585	-0.5683	0.5221	0.6356	-0.695	0.8583	-0.0298	0.0273	0.0233	0.0323	-0.0541	-0.0291	-0.0523	0.0959	0.084	0.057	-0.0065	-0.0093	0.09	0.0379	0.0823	61.899	42.8045	-1.6704
4	0.2183	-0.2998	0.3401	0.7389	-0.6352	0.8649	0.0188	-0.0324	-0.0231	-0.0468	-0.1245	0.0266	0.082	0.0742	0.1057	0.0598	0.0161	0.0073	0.1034	0.0282	0.0843	65.8407	34.4482	2.7342
5	0.6595	0.3913	0.0285	0.5547	-0.3825	1.3456	0.0154	-0.0487	0.0735	-0.0258	0.0109	0.0417	0.0416	0.0445	-0.0263	0.0628	0.0196	-0.0092	0.0654	-0.0086	0.0571	84.8634	28.6285	41.1623
6	0.5347	-0.0606	0.205	0.0589	0.0871	1.0138	-0.0375	0.0916	0.0614	0.0518	0.016	0.0182	0.0146	0.0331	0.0215	0.0716	0.0131	-0.0016	0.0728	0.0142	0.0798	84.1715	29.6196	32.3009
7	3.7497	-0.4589	0.8201	0.0679	-0.1545	0.7615	0.1463	-0.258	-0.0256	-0.0341	0.018	0.0014	0.1012	-0.1539	-0.1643	0.0292	-0.021	0.0037	0.099	0.046	0.0738	66.4393	23.9446	26.578
8	1.5093	-0.1601	1.2048	0.0232	-0.128	0.9805	0.0769	-0.2832	-0.0406	-0.0268	0.0074	0.0011	0.083	-0.2535	-0.0843	0.057	-0.0143	-0.0102	0.179	0.051	0.0771	64.0131	21.9979	33.0811

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	62 - 165
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	166 - 261
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	262 - 296
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	4 - 63
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	64 - 143
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	144 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	217 - 296

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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