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- PDB-3p2u: Crystal structure of PhnP in complex with orthovanadate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p2u
タイトルCrystal structure of PhnP in complex with orthovanadate
要素Protein phnP
キーワードHYDROLASE / phosphodiesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosyl 1,2-cyclic phosphate phosphodiesterase / phosphoribosyl 1,2-cyclic phosphate phosphodiesterase activity / organic phosphonate catabolic process / manganese ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Phosphonate metabolism protein PhnP / Phosphonate metabolism protein, MBL domain / Beta-lactamase superfamily domain / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / VANADATE ION / Phosphoribosyl 1,2-cyclic phosphate phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Podzelinska, K. / Kim, Y.M. / Zechel, D. / Faucher, F. / Jia, Z.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of PhnP in complex with orthovanadate
著者: Podzelinska, K. / Kim, Y.M. / Zechel, D. / Faucher, F. / Jia, Z.
履歴
登録2010年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein phnP
B: Protein phnP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,99410
ポリマ－57,4132
非ポリマー5808
水9,386521
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area19980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.761, 75.285, 82.423
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein phnP


分子量: 28706.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b4092, JW4053, phnP / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16692
#2: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 0.1 M MES, 7 % PEG 8000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→35.3 Å / Num. obs: 109380 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 15.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 48.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.48→35.267 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 17.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1859 4388 5.01 %
Rwork0.1611 --
obs0.1624 87551 95.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.886 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4077 Å2-0 Å2-2.4863 Å2
2---5.6442 Å20 Å2
3---6.0518 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→35.267 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3883 0 16 521 4420
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074188
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2355748
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8691507
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006773
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.48-1.49680.22991330.20992167X-RAY DIFFRACTION76
1.4968-1.51440.19991080.19632388X-RAY DIFFRACTION82
1.5144-1.53290.21211280.18792487X-RAY DIFFRACTION86
1.5329-1.55230.22991260.18982549X-RAY DIFFRACTION88
1.5523-1.57270.20981410.17612595X-RAY DIFFRACTION91
1.5727-1.59430.21551440.16542696X-RAY DIFFRACTION92
1.5943-1.6170.1851280.16092677X-RAY DIFFRACTION93
1.617-1.64120.17391440.15912708X-RAY DIFFRACTION93
1.6412-1.66680.20991440.16112727X-RAY DIFFRACTION95
1.6668-1.69410.21741400.15712728X-RAY DIFFRACTION95
1.6941-1.72340.19541570.15752800X-RAY DIFFRACTION96
1.7234-1.75470.17411360.15162798X-RAY DIFFRACTION96
1.7547-1.78840.17691500.15212798X-RAY DIFFRACTION97
1.7884-1.82490.18361450.14892814X-RAY DIFFRACTION97
1.8249-1.86460.17461530.15042838X-RAY DIFFRACTION98
1.8646-1.9080.20541430.14732878X-RAY DIFFRACTION98
1.908-1.95570.17561580.14612835X-RAY DIFFRACTION98
1.9557-2.00860.14151580.14142833X-RAY DIFFRACTION99
2.0086-2.06770.17651600.14852867X-RAY DIFFRACTION99
2.0677-2.13440.18671720.15052865X-RAY DIFFRACTION99
2.1344-2.21070.18581530.15582896X-RAY DIFFRACTION100
2.2107-2.29920.19711760.14652878X-RAY DIFFRACTION99
2.2992-2.40380.17381530.14842865X-RAY DIFFRACTION100
2.4038-2.53050.15631540.15032907X-RAY DIFFRACTION100
2.5305-2.6890.16781430.16082934X-RAY DIFFRACTION100
2.689-2.89650.19121620.16322902X-RAY DIFFRACTION100
2.8965-3.18780.20581400.17012918X-RAY DIFFRACTION100
3.1878-3.64870.1891370.16432933X-RAY DIFFRACTION100
3.6487-4.59540.1451560.13752943X-RAY DIFFRACTION100
4.5954-35.27730.18841460.17682939X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.5859 Å / Origin y: 1.178 Å / Origin z: 16.7272 Å
111213212223313233
T0.0588 Å2-0.014 Å20.0093 Å2-0.0944 Å20.0045 Å2--0.0619 Å2
L0.2215 °20.1101 °20.019 °2-1.3233 °2-0.2177 °2--0.23 °2
S-0.0025 Å °-0.0044 Å °0.0272 Å °-0.0149 Å °0.0372 Å °0.2236 Å °-0.0009 Å °0.0015 Å °-0.0018 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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