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- PDB-3p1z: Crystal structure of the Aperopyrum pernix RNA splicing endonuclease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p1z
タイトルCrystal structure of the Aperopyrum pernix RNA splicing endonuclease
要素
  • Putative uncharacterized protein
  • tRNA-splicing endonuclease
キーワードHYDROLASE / mixed antiparallel and parallel beta-sheet / heterotetramer / RNA splicing / RNA / Splicing endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-intron lyase / tRNA-intron lyase activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / nucleic acid binding / lyase activity / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / tRNA-intron endonuclease SEN2-like, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease, archaeal short subfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain superfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain ...: / tRNA-intron endonuclease SEN2-like, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease, archaeal short subfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain superfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA-splicing endonuclease / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aeropyrum pernix (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hirata, A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Cleavage of intron from the standard or non-standard position of the precursor tRNA by the splicing endonuclease of Aeropyrum pernix, a hyper-thermophilic Crenarchaeon, involves a novel ...タイトル: Cleavage of intron from the standard or non-standard position of the precursor tRNA by the splicing endonuclease of Aeropyrum pernix, a hyper-thermophilic Crenarchaeon, involves a novel RNA recognition site in the Crenarchaea specific loop
著者: Hirata, A. / Kitajima, T. / Hori, H.
履歴
登録2010年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: tRNA-splicing endonuclease
C: Putative uncharacterized protein
D: tRNA-splicing endonuclease
E: Putative uncharacterized protein
F: tRNA-splicing endonuclease
G: Putative uncharacterized protein
H: tRNA-splicing endonuclease
I: Putative uncharacterized protein
J: tRNA-splicing endonuclease
K: Putative uncharacterized protein
L: tRNA-splicing endonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,36812
ポリマ－235,36812
非ポリマー00
水7,350408
1
A: Putative uncharacterized protein
B: tRNA-splicing endonuclease
C: Putative uncharacterized protein
D: tRNA-splicing endonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4564
ポリマ－78,4564
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10910 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area29890 Å2
手法PISA
2
E: Putative uncharacterized protein
F: tRNA-splicing endonuclease
G: Putative uncharacterized protein
H: tRNA-splicing endonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4564
ポリマ－78,4564
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10900 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area29650 Å2
手法PISA
3
I: Putative uncharacterized protein
J: tRNA-splicing endonuclease
K: Putative uncharacterized protein
L: tRNA-splicing endonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4564
ポリマ－78,4564
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10970 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area29340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.036, 135.036, 156.246
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein


分子量: 18599.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / 遺伝子: APE0685 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: Q9YE85
#2: タンパク質
tRNA-splicing endonuclease / tRNA-intron endonuclease


分子量: 20628.555 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / 遺伝子: endA, APE_1646.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: Q9YBF1, EC: 3.1.27.9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.25M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, 0.9M lithium sulfate, 1mM magnesium chloride, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月16日
放射モノクロメーター: Fixed exit Si 111 double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 87511 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 64.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.7-2.84.50.778195
2.8-2.915.60.602199.1
2.91-3.0460.407199.8
3.04-3.26.20.246199.7
3.2-3.46.50.148199.8
3.4-3.666.80.098199.8
3.66-4.037.10.066199.9
4.03-4.627.70.0481100
4.62-5.818.20.0411100
5.81-508.10.033199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→41.239 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.63 / SU ML: 2.46 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 35.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3182 3845 5.07 %
Rwork0.2602 --
obs0.2632 75772 96.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.576 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.1692 Å2-0 Å2-0 Å2
2--7.1692 Å20 Å2
3----14.3385 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→41.239 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16173 0 0 408 16581
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00916507
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28722278
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8796039
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0772418
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052901
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.83540.43111210.31622391X-RAY DIFFRACTION85
2.8354-2.87270.43371410.31872356X-RAY DIFFRACTION85
2.8727-2.91210.37831300.3072431X-RAY DIFFRACTION89
2.9121-2.95370.3841270.28982529X-RAY DIFFRACTION90
2.9537-2.99780.40661470.28652487X-RAY DIFFRACTION91
2.9978-3.04460.35791490.27042540X-RAY DIFFRACTION93
3.0446-3.09450.35991430.27492593X-RAY DIFFRACTION95
3.0945-3.14780.38451160.28732665X-RAY DIFFRACTION96
3.1478-3.2050.37891440.29772640X-RAY DIFFRACTION96
3.205-3.26670.37541350.27822667X-RAY DIFFRACTION97
3.2667-3.33330.3551590.26742740X-RAY DIFFRACTION98
3.3333-3.40580.34151350.27052683X-RAY DIFFRACTION98
3.4058-3.48490.36361520.28622748X-RAY DIFFRACTION99
3.4849-3.5720.331400.28222730X-RAY DIFFRACTION99
3.572-3.66860.35541550.26852711X-RAY DIFFRACTION99
3.6686-3.77640.30481430.26282729X-RAY DIFFRACTION99
3.7764-3.89830.30121430.24312778X-RAY DIFFRACTION100
3.8983-4.03750.29131450.25192724X-RAY DIFFRACTION100
4.0375-4.1990.31671640.25182782X-RAY DIFFRACTION100
4.199-4.38990.32251340.23652744X-RAY DIFFRACTION100
4.3899-4.6210.27121430.23822715X-RAY DIFFRACTION100
4.621-4.91010.27271340.23072765X-RAY DIFFRACTION100
4.9101-5.28850.25261490.23562787X-RAY DIFFRACTION100
5.2885-5.81940.3181500.24872732X-RAY DIFFRACTION100
5.8194-6.65840.32221560.26082773X-RAY DIFFRACTION100
6.6584-8.37740.31141510.24872732X-RAY DIFFRACTION100
8.3774-41.2430.24941390.23332755X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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