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万見
- PDB-3p1y: Crystal structure of the chimeric Archaeoglobus fulgidus RNA spli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p1y
タイトルCrystal structure of the chimeric Archaeoglobus fulgidus RNA splicing endonuclease with the broadest substrate specificity
要素tRNA-splicing endonuclease
キーワードHYDROLASE / Protein homodimer / RNA splicing endonuclease / broad substrate specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #150 / tRNA-splicing endonuclease, archaeal long subfamily / tRNA-splicing endonuclease, archaeal short subfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain superfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain ...Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #150 / tRNA-splicing endonuclease, archaeal long subfamily / tRNA-splicing endonuclease, archaeal short subfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain superfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA-splicing endonuclease / tRNA-splicing endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
Aeropyrum pernix (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Hirata, A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Cleavage of intron from the standard or non-standard position of the precursor tRNA by the splicing endonuclease of Aeropyrum pernix, a hyper-thermophilic Crenarchaeon, involves a novel ...タイトル: Cleavage of intron from the standard or non-standard position of the precursor tRNA by the splicing endonuclease of Aeropyrum pernix, a hyper-thermophilic Crenarchaeon, involves a novel RNA recognition site in the Crenarchaea specific loop
著者: Hirata, A. / Kitajima, T. / Hori, H.
履歴
登録2010年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA-splicing endonuclease
B: tRNA-splicing endonuclease
C: tRNA-splicing endonuclease
D: tRNA-splicing endonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,3264
ポリマ－148,3264
非ポリマー00
水5,441302
1
A: tRNA-splicing endonuclease
B: tRNA-splicing endonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1632
ポリマ－74,1632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area27250 Å2
手法PISA
2
C: tRNA-splicing endonuclease
D: tRNA-splicing endonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1632
ポリマ－74,1632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6480 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area27090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.770, 104.642, 165.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
tRNA-splicing endonuclease / tRNA-intron endonuclease


分子量: 37081.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera protein of tRNA-splicing endonuclease from Archaeoglobus fulgidus (UNP residues 2-173), a insertion of UNP residues 39-53 of tRNA-splicing endonuclease from Aeropyrum pernix, tRNA- ...詳細: Chimera protein of tRNA-splicing endonuclease from Archaeoglobus fulgidus (UNP residues 2-173), a insertion of UNP residues 39-53 of tRNA-splicing endonuclease from Aeropyrum pernix, tRNA-splicing endonuclease from Archaeoglobus fulgidus (UNP residues 179-188)
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌), (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O29362, UniProt: Q9YBF1, EC: 3.1.27.9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2.2M ammonium sulfate, 0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月9日
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 88892 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.05-2.1210.80.673197.1
2.12-2.2112.50.53199.8
2.21-2.31140.436199.9
2.31-2.4314.80.3481100
2.43-2.5815.10.2621100
2.58-2.7815.10.1821100
2.78-3.0615.10.1151100
3.06-3.51150.0761100
3.51-4.4214.10.0651100
4.42-5014.20.044199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→38.89 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2867 8397 9.4 %
Rwork0.2471 --
obs0.2498 84124 93.9 %
溶媒の処理Bsol: 49.8043 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 35.7352 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.723 Å20 Å20 Å2
2--0.397 Å20 Å2
3----7.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→38.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10424 0 0 302 10726
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4731.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.3032
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3382
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.4482.5
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-ID
2.05-2.120.36866680.3165X-RAY DIFFRACTION
2.12-2.210.32587670.2767X-RAY DIFFRACTION
2.21-2.310.31457930.2614X-RAY DIFFRACTION
2.31-2.430.31018400.255X-RAY DIFFRACTION
2.43-2.580.32528460.2569X-RAY DIFFRACTION
2.58-2.780.30718480.261X-RAY DIFFRACTION
2.78-3.060.30268960.2513X-RAY DIFFRACTION
3.06-3.510.28628650.2532X-RAY DIFFRACTION
3.51-4.420.26139050.2303X-RAY DIFFRACTION
4.42-500.26699690.2408X-RAY DIFFRACTION
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2cis_peptide.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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