PDB-3ozk: Crystal structure of human transthyretin variant A25T in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ozk

タイトル

Crystal structure of human transthyretin variant A25T in complex with thyroxine (T4)

要素

Transthyretin

キーワード

HORMONE / T4 transport / Retinol binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Lima, L.M.T.R. / Palmieri, L.C. / Foguel, D. / Palhano, F.L.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human transthyretin variant A25T in complex with thyroxine (T4)
著者: Lima, L.M.T.R. / Palmieri, L.C. / Foguel, D. / Palhano, F.L.

履歴

登録	2010年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ozk.cif.gz	67.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ozk.ent.gz	50.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ozk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ozk_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ozk_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3ozk_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	3ozk_validation.cif.gz	20.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/3ozk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/3ozk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ict 2rox 3i9a 3i9i 3i9p 3ozl
類似構造データ	5e4o-1 6e73-1 6fft-1 6e77-1 4pwh-1 3cfn-1 3djt-1 3ipe-1 6ep1-1 5tzl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (14) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (9) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (14)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (9)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

29.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.130, 85.310, 64.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-128- T44
2	1	A-128- T44
3	1	B-128- T44
4	1	B-157- HOH

#1: タンパク質	Transthyretin / Prealbumin / TBPA / TTR / ATTR 分子量: 13807.387 Da / 分子数: 2 / 変異: A25T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物	ChemComp-T44 / 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE / チロキシン分子量: 776.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₁I₄NO₄ / コメント: ホルモン*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Hepes sodium pH 7.5, 28% PEG 400, 0.2 calcium chloride dihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, complex obtained by soaking crystal with ligand.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4586 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年3月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.4586 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.1 % / Av σ(I) over netI: 7.4 / 数: 79832 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_sym value: 0.061 / D res high: 1.9 Å / D res low: 64.34 Å / Num. obs: 19350 / % possible obs: 99.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
6.01	26.01	95.3	1	0.072	0.072	3.7
4.25	6.01	99.8	1	0.043	0.043	4.1
3.47	4.25	100	1	0.04	0.04	4.2
3	3.47	100	1	0.048	0.048	4.2
2.69	3	100	1	0.064	0.064	4.2
2.45	2.69	100	1	0.078	0.078	4.2
2.27	2.45	100	1	0.101	0.101	4.2
2.12	2.27	100	1	0.126	0.126	4.1
2	2.12	100	1	0.178	0.178	4.1
1.9	2	100	1	0.26	0.26	4.1

反射

解像度: 1.9→64.34 Å / Num. all: 19350 / Num. obs: 19350 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 23.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / R_sym value: 0.061 / Net I/σ(I): 17.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
1.9-2	4.1	0.26	2.8	0.26	1	100
2-2.12	4.1	0.178	4	0.178	1	100
2.12-2.27	4.1	0.126	5.6	0.126	1	100
2.27-2.45	4.2	0.101	6.9	0.101	1	100
2.45-2.69	4.2	0.078	8.3	0.078	1	100
2.69-3	4.2	0.064	9.5	0.064	1	100
3-3.47	4.2	0.048	11.7	0.048	1	100
3.47-4.25	4.2	0.04	13.3	0.04	1	100
4.25-6.01	4.1	0.043	12.2	0.043	1	99.8
6.01-26.011	3.7	0.072	8.4	0.072	1	95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.25	データスケーリング
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
REFMAC	5.5.0102	位相決定

精密化

解像度: 1.9→26.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 3.425 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	1146	5.9 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.191	18174	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→26.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1789	0	48	142	1979

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	2188
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.823	1.952	3031
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.834	5	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.842	23.684	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.489	15	335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.135	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.125	1.5	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.035	2	2205
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.988	3	858
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.818	4.5	826
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	84	-
R_work	0.234	1337	-
obs	-	-	100 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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