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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3oyx | ||||||
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タイトル | Haloferax volcanii Malate Synthase Magnesium/Glyoxylate Complex | ||||||
![]() | Malate synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / TIM barrel / glyoxylate complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() malate synthase / malate synthase activity / oxaloacetate metabolic process / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / magnesium ion binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Howard, B.R. / Bracken, C. / Neighbor, A. / Thomas, G. / Lamlenn, K.K. / Schubert, H.L. / Whitby, F.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of a halophilic archaeal malate synthase from Haloferax volcanii and comparisons with isoforms A and G. 著者: Bracken, C.D. / Neighbor, A.M. / Lamlenn, K.K. / Thomas, G.C. / Schubert, H.L. / Whitby, F.G. / Howard, B.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 448 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
| x 6||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 48066.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 145分子 ![](data/chem/img/GLV.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.92 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: PEG 4500, glycerol, 2M KCl,MgCl2, pH 4.4, supplemented with 0.1M glyoxylate, 0.1M MgCl2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年7月21日 / 詳細: R-axis IV, confocal optics | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 22203 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 17.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 33.67 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 119.47 Å2 / Biso mean: 58.333 Å2 / Biso min: 24.1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.51→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.51→2.574 Å / Total num. of bins used: 20
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