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- PDB-3oxk: Crystal structure of a histidine triad family protein from Entamo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oxk
タイトルCrystal structure of a histidine triad family protein from Entamoeba histolytica, bound to GMP
要素Putative histidine triad family protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / Emerald BioStructures / putative hydrolase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / hydrolase activity / nucleotide binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine triad (HIT) protein / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / ETHANOL / Histidine triad nucleotide-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Structures of a histidine triad family protein from Entamoeba histolytica bound to sulfate, AMP and GMP.
著者: Lorimer, D.D. / Choi, R. / Abramov, A. / Nakazawa Hewitt, S. / Gardberg, A.S. / Van Voorhis, W.C. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Edwards, T.E.
履歴
登録2010年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年5月20日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative histidine triad family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4924
ポリマ－13,0171
非ポリマー4753
水3,387188
1
A: Putative histidine triad family protein
ヘテロ分子

A: Putative histidine triad family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9848
ポリマ－26,0342
非ポリマー9496
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area10500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.660, 60.860, 67.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-148-

HOH

21A-301-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative histidine triad family protein


分子量: 13017.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM-1:IMSS / 遺伝子: EHI_093910 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4LYI2
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#4: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.21 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: Internal tracking number 217759B6. JCSG screen condition B6: 40% v/v ethanol, 5% w/v PEG 1000, phosphate-citrate buffer pH 4.2, EnhiA.01296.a.A1 PS00632 at 83.2 mg/ml + ~30 mM GMP, VAPOR ...詳細: Internal tracking number 217759B6. JCSG screen condition B6: 40% v/v ethanol, 5% w/v PEG 1000, phosphate-citrate buffer pH 4.2, EnhiA.01296.a.A1 PS00632 at 83.2 mg/ml + ~30 mM GMP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→27.77 Å / Num. all: 16495 / Num. obs: 14890 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 18.008 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 25.18
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
1.55-1.595.20.3913.85053118597682.4
1.59-1.630.364.3519798984.8
1.63-1.680.2915.15402100686.9
1.68-1.730.2326.5528796588.4
1.73-1.790.2087.3549698890.5
1.79-1.850.1619.4550396993.4
1.85-1.920.1778.9409474673.5
1.92-20.11313451878382.2
2-2.090.10517528790197.1
2.09-2.190.08119.7545188898.9
2.19-2.310.09320.9324659770.2
2.31-2.450.05628.6534680999.8
2.45-2.620.04933.6538175799.9
2.62-2.830.04438.35399711100
2.83-3.10.03447.95375667100
3.1-3.470.02761.85108595100
3.47-40.03268.1427250393.8
4-4.90.02198563945599.8
4.9-6.930.02288.94470368100
6.930.01896.9238121799.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3OMF, with ligand and water molecules removed

3omf


解像度: 1.55→27.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.143 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 712 4.8 %RANDOM
Rwork0.157 ---
all0.159 16495 --
obs0.159 14847 90.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.794 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.61 Å20 Å2
3---0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→27.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数897 0 28 188 1113
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.022958
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6281.9941300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89831598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2645118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.59125.78938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.26215173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.829151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211029
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02171
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7561.5579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2161.5235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.292940
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0493379
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1624.5358
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 40 -
Rwork0.187 932 -
all-972 -
obs-976 82.16 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.41 Å / Origin y: 7.101 Å / Origin z: -6.205 Å
111213212223313233
T0.0105 Å2-0.0031 Å20.0004 Å2-0.0426 Å20.0017 Å2--0.0126 Å2
L0.3063 °2-0.0389 °20.0503 °2-0.7135 °2-0.0265 °2--0.4759 °2
S-0.032 Å °0.0308 Å °0.0449 Å °-0.0435 Å °0.0318 Å °-0.0133 Å °-0.0145 Å °0.0012 Å °0.0002 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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