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万見
- PDB-3ouv: SeMet Derivative of L512M mutant of PASTA domain 3 of Mycobacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ouv
タイトルSeMet Derivative of L512M mutant of PASTA domain 3 of Mycobacterium tuberculosis PknB
要素Serine/threonine protein kinase
キーワードTRANSFERASE / Protein-Ligand interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of primary metabolic process / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Trypsin Inhibitor V; Chain A - #20 / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Trypsin Inhibitor V; Chain A / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Trypsin Inhibitor V; Chain A - #20 / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Trypsin Inhibitor V; Chain A / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase PknB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.004 Å
データ登録者Prigozhin, D.M. / Chen, T.Y. / Alber, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural and Genetic Analyses of the Mycobacterium tuberculosis Protein Kinase B Sensor Domain Identify a Potential Ligand-binding Site.
著者: Prigozhin, D.M. / Papavinasasundaram, K.G. / Baer, C.E. / Murphy, K.C. / Moskaleva, A. / Chen, T.Y. / Alber, T. / Sassetti, C.M.
履歴
登録2010年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22016年12月14日Group: Database references
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine protein kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3221
ポリマ－7,3221
非ポリマー00
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)24.439, 73.413, 32.583
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine protein kinase


分子量: 7321.954 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: pknB, MRA_0016 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5TY84
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.2 Lithium sulfate, 0.1 M Sodium acetate, 30% (v/v) MPD, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 3995

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_243) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.004→32.583 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2261 411 10.29 %
Rwork0.1763 --
obs0.1814 3995 93.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.42 Å2 / ksol: 0.454 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9821 Å20 Å2-0 Å2
2--3.5727 Å20 Å2
3----1.4322 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.004→32.583 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数484 0 0 51 535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007493
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08675
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.289180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06481
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00591
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0043-2.29430.25841290.19341081X-RAY DIFFRACTION88
2.2943-2.89030.21341360.16921193X-RAY DIFFRACTION94
2.8903-32.58730.21861460.17251310X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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