PDB-3ott: Crystal Structure of the extracellular domain of the putative one...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ott

タイトル

Crystal Structure of the extracellular domain of the putative one component system BT4673 from B. thetaiotaomicron

要素

Two-component system sensor histidine kinase

キーワード

TRANSCRIPTION / beta-propeller / beta-sandwich

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Zhang, Z. / Liu, Q. / Hendrickson, W.A.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of apparent saccharide sensors from histidine kinase receptors prevalent in a human gut symbiont.
著者: Zhang, Z. / Liu, Q. / Hendrickson, W.A.

履歴

登録	2010年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月23日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ott.cif.gz	603.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ott.ent.gz	500.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ott.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ott_validation.pdf.gz	474.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ott_full_validation.pdf.gz	502 KB	表示
XML形式データ	3ott_validation.xml.gz	54.3 KB	表示
CIF形式データ	3ott_validation.cif.gz	76.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/3ott ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/3ott	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v9fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3va6-d 3m1i-d 4hav-d 5jcf-d 5jch-d 6ymw-d 2824 2825 2826 3125 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (8) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Two-component system sensor histidine kinase

B: Two-component system sensor histidine kinase

ヘテロ分子

179 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Two-component system sensor histidine kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
89.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Two-component system sensor histidine kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
89.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.173, 88.173, 432.956
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

There are 2 biological units in the asymmetric unit .

#1: タンパク質	Two-component system sensor histidine kinase 分子量: 87317.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: BT_4673 / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q89YQ8
#2: 化合物	ChemComp-TBR / HEXATANTALUM DODECABROMIDE / DODECABROMOHEXATANTALUM 分子量: 2044.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br₁₂Ta₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 5% PEGMME 2K, 10% tascimate acid pH7.0 plus 0.1 M cacodylate buffer pH5.5, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X4A	1	1.25441
			2

検出器

検出器: CCD

放射

ID	プロトコル	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SAD	x-ray	1
2		x-ray	1

放射波長

波長: 1.25441 Å / 相対比: 1

Reflection

数: 1080649 / R_merge(I) obs: 0.132 / D res high: 2 Å / Num. obs: 194236 / % possible obs: 89.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
8.94	89.8	2377	98.3	1	0.026
6.32	8.94	4391	99.4	1	0.039
5.16	6.32	5678	99.7	1	0.046
4.47	5.16	6828	99.9	1	0.039
4	4.47	7647	99.9	1	0.045
3.65	4	8507	100	1	0.061
3.38	3.65	9266	100	1	0.076
3.16	3.38	9953	100	1	0.11
2.98	3.16	10592	100	1	0.151
2.83	2.98	11128	100	1	0.215
2.7	2.83	11798	100	1	0.303
2.58	2.7	12261	100	1	0.414
2.48	2.58	12868	100	1	0.509
2.39	2.48	13322	100	1	0.647
2.31	2.39	13813	100	1	0.8
2.24	2.31	14092	98.4	1	0.95
2.17	2.24	12299	83.4	1	0.972
2.11	2.17	10290	67.7	1	0.95
2.05	2.11	9078	58.2	1	1.217
2	2.05	8048	50.4	1	1.64

反射

最高解像度: 2 Å / Num. obs: 194236 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 35.168 Å² / R_merge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2-2.05	0.016	0.6	16104	8048	1	50.4
2.05-2.11	0.016	0.8	19894	9078	1	58.2
2.11-2.17	0.016	1.1	24312	10290	1	67.7
2.17-2.24	0.016	1.5	46023	12299	1	83.4
2.24-2.31	0.016	2.1	76138	14092	1	98.4
2.31-2.39	0.016	2.8	87427	13813	1	100
2.39-2.48	0.016	3.5	84285	13322	1	100
2.48-2.58	0.016	4.3	81599	12868	1	100
2.58-2.7	0.016	5.3	78087	12261	1	100
2.7-2.83	0.016	7	75243	11798	1	100
2.83-2.98	0.016	9.6	71269	11128	1	100
2.98-3.16	0.016	13.1	67923	10592	1	100
3.16-3.38	0.016	17.1	63916	9953	1	100
3.38-3.65	0.016	23.6	59609	9266	1	100
3.65-4	0.016	28.3	54851	8507	1	100
4-4.47	0.016	36.3	49236	7647	1	99.9
4.47-5.16	0.016	40.9	44194	6828	1	99.9
5.16-6.32	0.016	35.2	36913	5678	1	99.7
6.32-8.94	0.016	39.9	28473	4391	1	99.4
8.94-89.8	0.016	60	15153	2377	1	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→39.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 13.994 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2533	3840	5 %	RANDOM
R_work	0.1945	-	-	-
obs	0.1974	76749	99.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.46 Å² / B_iso mean: 33.171 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11999	0	36	280	12315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	12362
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.766	1.924	16821
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.291	5	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.39	24.387	661
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.68	15	2000
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.236	15	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.13	0.2	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	9620
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.978	1.5	7306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.817	2	11815
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.896	3	5056
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.353	4.5	5004

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	288	-
R_work	0.243	5211	-
all	-	5499	-
obs	-	-	98.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5555	-0.2575	-0.3399	0.547	0.0627	0.5147	-0.0159	-0.1074	0.0067	0.0102	0.0467	-0.0263	0.0054	0.0668	-0.0308	0.0786	-0.015	-0.0005	0.1719	-0.0067	0.0051	38.876	82	216.797
2	4.7428	-1.8193	-2.3749	4.0101	1.1305	4.1012	-0.4953	0.4361	-0.5451	0.2309	-0.1443	0.1786	0.4743	-0.1734	0.6396	0.1478	-0.0371	0.1458	0.0854	-0.0444	0.1573	13.628	56.191	181.148
3	1.8446	-0.0256	-0.5269	2.5713	0.0553	1.5995	0.0231	0.0213	-0.0589	-0.1392	-0.1089	-0.1238	0.1375	0.0206	0.0858	0.0759	0.0255	0.0228	0.1005	0.0115	0.0132	57.956	59.392	198.287
4	0.4437	0.1042	0.0806	0.4719	0.0966	0.7097	-0.0167	-0.0433	-0.0324	-0.0025	0.0271	0.0194	-0.0574	-0.0608	-0.0105	0.0815	0.002	0.0143	0.1229	-0.0051	0.0232	2.76	90.124	191.643
5	1.11	0.1898	0.2629	1.1753	0.0721	0.6831	-0.0458	0.1197	0.0371	-0.0601	-0.0196	0.0814	-0.0262	-0.0117	0.0654	0.0681	-0.0051	0.0029	0.1271	0.0091	0.0135	51.941	100.192	187
6	1.7556	0.2756	-0.2805	2.19	0.3652	3.8654	0.0406	0.0361	0.1393	-0.0704	-0.1106	-0.0949	0.0492	0.2903	0.07	0.0902	0.0157	0.0171	0.0951	0.0199	0.0216	16.025	94.331	159.789

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	36 - 334
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	336 - 651
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	655 - 785
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	35 - 334
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	336 - 652
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	653 - 777

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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