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- PDB-3osf: The structure of protozoan parasite Trichomonas vaginalis Myb2 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3osf
タイトルThe structure of protozoan parasite Trichomonas vaginalis Myb2 in complex with MRE-2f-13 DNA
要素
  • 5'-D(*CP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*AP*CP*AP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*TP*GP*TP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*G)-3'
  • MYB21
キーワードtranscription/DNA / transcription-DNA complex / Myb2 / R2R3 Domain / DNA binding protein / transcription factor / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Myb-like domain profile. / Myb-like DNA-binding domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Homeodomain-like / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A ...: / Myb-like domain profile. / Myb-like DNA-binding domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Homeodomain-like / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / DNA / DNA (> 10) / MYB21
類似検索 - 構成要素
生物種Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.032 Å
データ登録者Jiang, I. / Tsai, C.K. / Chen, S.C. / Wang, S.H. / Amiraslanov, I. / Chang, C.F. / Wu, W.J. / Tai, J.H. / Liaw, Y.C. / Huang, T.H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Molecular basis of the recognition of the ap65-1 gene transcription promoter elements by a Myb protein from the protozoan parasite Trichomonas vaginalis.
著者: Jiang, I. / Tsai, C.K. / Chen, S.C. / Wang, S.H. / Amiraslanov, I. / Chang, C.F. / Wu, W.J. / Tai, J.H. / Liaw, Y.C. / Huang, T.H.
履歴
登録2010年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYB21
B: 5'-D(*CP*TP*GP*TP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*AP*CP*AP*G)-3'
D: MYB21
E: 5'-D(*CP*TP*GP*TP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*AP*CP*AP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7157
ポリマ－45,6556
非ポリマー601
水6,485360
1
A: MYB21
B: 5'-D(*CP*TP*GP*TP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*AP*CP*AP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8874
ポリマ－22,8273
非ポリマー601
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area9480 Å2
手法PISA
2
D: MYB21
E: 5'-D(*CP*TP*GP*TP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*AP*CP*AP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8273
ポリマ－22,8273
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.941, 77.352, 84.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MYB21 / Myb-like DNA-binding domain containing protein


分子量: 14885.064 Da / 分子数: 2 / 断片: Myb2 R2R3 Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_211210 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(de3) / 参照: UniProt: Q58HP3
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*GP*TP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*G)-3' / MRE-2f


分子量: 3948.569 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*AP*CP*AP*G)-3' / MRE-2f


分子量: 3993.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M sodium cacodylate, 15% isopropanol, 25% PEG 4000, 10% glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.97622, 0.9788, 0.9790, 0.9686
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月30日
放射モノクロメーター: double-crystal monochromato / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.976221
20.97881
30.9791
40.96861
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. all: 31872 / Num. obs: 31586 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.03-2.07193.1
2.07-2.1195.9
2.1-2.14199.3
2.14-2.19199.9
2.19-2.231100
2.23-2.291100
2.29-2.341100
2.34-2.411100
2.41-2.481100
2.48-2.561100
2.56-2.651100
2.65-2.761100
2.76-2.881100
2.88-3.031100
3.03-3.22199.5
3.22-3.47199.1
3.47-3.82199.8
3.82-4.37199.8
4.37-5.51199.9
5.51-50195.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.032→36.654 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 0.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2579 1581 5.03 %RANDOM
Rwork0.2064 ---
all0.209 31872 --
obs0.209 31422 98.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.515 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5957 Å2-0 Å20 Å2
2---0.2088 Å20 Å2
3---1.8044 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.032→36.654 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1712 1054 4 360 3130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072941
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3974191
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.1621162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005354
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0322-2.10480.31671520.2575275793
2.1048-2.1890.26291420.2277297499
2.189-2.28870.26341430.23013008100
2.2887-2.40930.31791460.23082972100
2.4093-2.56020.29351830.22472975100
2.5602-2.75780.27281650.22612973100
2.7578-3.03520.32991590.24123014100
3.0352-3.47410.29241650.2086297899
3.4741-4.37590.20611850.16393040100
4.3759-36.66020.20161410.1813315098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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