PDB-3orr: Crystal Structure of N5-Carboxyaminoimidazole synthetase from Sta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3orr

タイトル

Crystal Structure of N5-Carboxyaminoimidazole synthetase from Staphylococcus aureus

要素

N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthetase

キーワード

LIGASE / BIOSYNTHETIC PROTEIN / ATP-grasp superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide synthase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide synthase activity / phosphoribosylaminoimidazole carboxylase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / NAD binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.23 Å

データ登録者

Brugarolas, P. / Duguid, E.M. / Zhang, W. / Poor, C.B. / He, C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structural and biochemical characterization of N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthetase and N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase from Staphylococcus aureus.
著者: Brugarolas, P. / Duguid, E.M. / Zhang, W. / Poor, C.B. / He, C.

履歴

登録	2010年9月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月28日	Group: Database references
改定 1.2	2013年4月24日	Group: Other
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3orr.cif.gz	152.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3orr.ent.gz	120.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3orr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/3orr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/3orr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3orqC 3orsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3aw8-d 1b6s-1 1tuy-d 2iir-5 2iir-2 2iir-3 3k5h-2 3orq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (4)
#192 - 2015年12月
バンコマイシン (Vancomycin)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (3)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthetase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthetase

86.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.112, 53.327, 107.406
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.34, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthetase / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase / ATPase subunit 分子量: 43238.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Newman / 遺伝子: NWMN_0934, purK / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)star 参照: UniProt: A6QFS4, UniProt: A0A0H3KFM7*PLUS, 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.57 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 6.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 28% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97951, 0.97937, 0.97196

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月27日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97951	1
2	0.97937	1
3	0.97196	1

反射

解像度: 2.23→50 Å / Num. obs: 34628 / % possible obs: 83.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 %

反射シェル

解像度: 2.23→2.4 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / R_sym value: 0.46 / % possible all: 45.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.23→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 15.489 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	1869	5.1 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.197	34554	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.51 Å²	0 Å²	-0.61 Å²
2-	-	2.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.23→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5881	0	0	215	6096

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	5996
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.39	1.956	8087
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.312	5	733
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.547	25.973	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.118	15	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.219	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	899
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4502
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.012	1.5	3658
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.94	2	5925
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.763	3	2338
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.501	4.5	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.23→2.29 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	150	-
R_work	0.256	2468	-
obs	-	-	98.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2084	0.0928	0.126	0.6021	0.1545	0.6082	-0.0183	0.0607	0.1373	-0.0167	-0.056	-0.0085	0.0381	0.086	0.0743	0.3579	0.0389	0.006	0.4027	0.0305	0.4216	42.3188	34.2877	27.3267
2	0.9277	0.4501	-0.0783	0.4218	-0.4482	0.8361	-0.0594	0.1266	0.0477	0.0183	0.0037	-0.011	-0.1147	0.113	0.0556	0.3149	0.0127	0.0114	0.3917	0.0374	0.4665	50.131	40.1882	22.068
3	0.9725	0.3364	2.0081	0.3736	0.8202	4.4945	0.0129	0.5378	-0.07	-0.2103	-0.0443	0.159	-0.1684	1.31	0.0314	0.4125	0.2052	-0.0029	0.908	-0.0718	0.2738	63.0969	20.1437	2.8346
4	3.0839	2.19	6.0176	8.0962	3.2885	12.0293	-0.2416	0.3466	0.2548	-1.3289	-0.2711	-0.1801	-0.1858	1.0466	0.5128	0.5643	0.2198	0.1293	0.7245	-0.0672	0.109	58.181	22.6802	-6.8122
5	0.6478	0.0055	-0.1764	0.1492	-0.1085	0.6859	0.0236	0.0773	0.0196	-0.0759	-0.0378	-0.0394	0.1996	0.0328	0.0142	0.4477	0.0841	-0.0011	0.3763	-0.008	0.3379	40.4571	17.3381	16.0024
6	0.6954	0.1938	-0.0891	0.5034	0.0616	0.6877	0.0345	0.0075	0.1477	0.001	-0.006	0.0152	0.0215	-0.1163	-0.0285	0.3573	0.0651	-0.0078	0.4066	0.0439	0.4195	16.4118	38.6221	28.27
7	0.4239	-0.4016	0.8147	1.1255	-0.2317	5.3106	-0.1028	-0.1271	-0.0352	0.1566	0.2111	0.1492	-0.3595	-0.0726	-0.1083	0.2813	0.0775	0.0556	0.6239	0.0455	0.2646	1.0304	28.3947	56.9423
8	0.8736	-0.0928	-0.3289	0.0165	0.0291	0.1303	-0.0109	-0.0523	0.0135	-0.0199	0.0386	0.0399	0.032	-0.0238	-0.0277	0.3933	-0.0242	-0.0321	0.4627	0.0584	0.3772	15.3509	18.1966	40.4929
9	0.4526	0.0927	-0.0129	0.0862	-0.1998	0.6156	0.0303	-0.0604	-0.0147	-0.0341	0.0277	-0.0122	0.0541	-0.0859	-0.058	0.3975	0.0226	-0.023	0.3975	0.0231	0.3924	23.0178	20.8628	39.9828
10	6.136	6.8597	-0.7672	9.3099	-3.9863	6.069	0.1969	0.0245	0.2468	0.2217	-0.2581	0.2402	0.0441	0.5349	0.0612	0.3559	0.0295	0.0307	0.4448	0.0792	0.4354	34.4383	19.6388	53.821

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 46
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	47 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	101 - 149
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	150 - 185
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	186 - 371
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 103
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	104 - 185
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	186 - 217
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	218 - 366
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	367 - 372

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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