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- PDB-3oqv: AlbC, a cyclodipeptide synthase from Streptomyces noursei -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oqv
タイトルAlbC, a cyclodipeptide synthase from Streptomyces noursei
要素AlbC
キーワードPROTEIN BINDING / ROSSMANN FOLD / Cyclodipeptide Synthase / aminoacyl-tRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclo(L-leucyl-L-phenylalanyl) synthase / aminoacyltransferase activity / antibacterial peptide biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Cyclodipeptide synthase / Cyclodipeptide synthase / Cyclodipeptide synthase / Cyclodipeptide synthase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DITHIANE DIOL / PHOSPHATE ION / Cyclo(L-leucyl-L-phenylalanyl) synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces noursei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sauguet, L. / Ledu, M.H. / Charbonnier, J.B. / Gondry, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Cyclodipeptide synthases, a family of class-I aminoacyl-tRNA synthetase-like enzymes involved in non-ribosomal peptide synthesis.
著者: Sauguet, L. / Moutiez, M. / Li, Y. / Belin, P. / Seguin, J. / Le Du, M.H. / Thai, R. / Masson, C. / Fonvielle, M. / Pernodet, J.L. / Charbonnier, J.B. / Gondry, M.
履歴
登録2010年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月24日Group: Database references
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AlbC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2485
ポリマ－27,8111
非ポリマー4374
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.170, 97.170, 45.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 AlbC


分子量: 27811.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces noursei (バクテリア)
遺伝子: albC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GED7
#2: 化合物 ChemComp-DTD / DITHIANE DIOL / 1,2-ジチアン-4α,5β-ジオ-ル


分子量: 152.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2S2
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.24 %
結晶化温度: 290 K
詳細: 1.7 M Na/K Phosphate, 100 mM DTT, pH pH 6, batch method under oil, temperature 290K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9792, 0.9794, 0.9757
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97941
30.97571
反射解像度: 1.9→41.2 Å / Num. obs: 15963 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Rsym value: 0.615 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→41.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 8.743 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23647 849 5 %RANDOM
Rwork0.18587 ---
obs0.18841 15963 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.393 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20 Å20 Å2
2--0.74 Å20 Å2
3----1.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1610 0 23 107 1740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0211668
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7931.9652260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3295211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.91622.2580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.5815262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2641521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6481.51053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.68221674
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3493615
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.9184.5586
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 57 -
Rwork0.275 1166 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.54 Å / Origin y: -34.934 Å / Origin z: -0.265 Å
111213212223313233
T0.0543 Å20.0457 Å2-0.0084 Å2-0.048 Å2-0.0071 Å2--0.0345 Å2
L0.693 °20.0305 °2-0.0967 °2-1.2706 °2-0.2245 °2--0.9161 °2
S-0.0394 Å °0.0116 Å °0.0368 Å °-0.0623 Å °0.0266 Å °0.0191 Å °0.0698 Å °0.0187 Å °0.0127 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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