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- PDB-3oq0: Crystal Structure of motif N of Saccharomyces cerevisiae Dbf4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oq0
タイトルCrystal Structure of motif N of Saccharomyces cerevisiae Dbf4
要素DBF4
キーワードCELL CYCLE / DDK / BRCT / Rad53 / replication checkpoint / FHA domain / regulatory subunit of DDK / cdc7 / phosphorylation / nuclear
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of kinetochore assembly / positive regulation of meiotic DNA double-strand break formation / positive regulation of DNA replication initiation / negative regulation of exit from mitosis / Dbf4-dependent protein kinase complex / positive regulation of meiosis I / positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / regulation of cell cycle phase transition / premeiotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex ...positive regulation of kinetochore assembly / positive regulation of meiotic DNA double-strand break formation / positive regulation of DNA replication initiation / negative regulation of exit from mitosis / Dbf4-dependent protein kinase complex / positive regulation of meiosis I / positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / regulation of cell cycle phase transition / premeiotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / mitotic DNA replication checkpoint signaling / DNA replication origin binding / chromosome, centromeric region / DNA replication initiation / protein serine/threonine kinase activator activity / chromosome segregation / cell division / centrosome / chromatin / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Regulatory subunit Dfp1/Him1, central region / : / Dfp1/Him1, central region / BRCT domain / Zinc finger, DBF-type / DBF-type zinc finger superfamily / : / DBF zinc finger / Zinc finger DBF4-type profile. / Zinc finger in DBF-like proteins ...Regulatory subunit Dfp1/Him1, central region / : / Dfp1/Him1, central region / BRCT domain / Zinc finger, DBF-type / DBF-type zinc finger superfamily / : / DBF zinc finger / Zinc finger DBF4-type profile. / Zinc finger in DBF-like proteins / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DDK kinase regulatory subunit DBF4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Matthews, L.A. / Jones, D.R. / Prasad, A.A. / Duncker, B.P. / Guarne, A.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Saccharomyces cerevisiae Dbf4-motif N
著者: Matthews, L.A. / Jones, D.R. / Prasad, A.A. / Duncker, B.P. / Guarne, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of motif N from Saccharomyces cerevisiae Dbf4
著者: Matthews, L.A. / Duong, A. / Prasad, A.A. / Duncker, B.P. / Guarne, A.
履歴
登録2010年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DBF4
B: DBF4
C: DBF4
D: DBF4
E: DBF4
F: DBF4
G: DBF4
H: DBF4
I: DBF4
J: DBF4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,46510
ポリマ－177,46510
非ポリマー00
水1,67593
1
A: DBF4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7461
ポリマ－17,7461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DBF4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7461
ポリマ－17,7461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DBF4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7461
ポリマ－17,7461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: DBF4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7461
ポリマ－17,7461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: DBF4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7461
ポリマ－17,7461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: DBF4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7461
ポリマ－17,7461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: DBF4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7461
ポリマ－17,7461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: DBF4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7461
ポリマ－17,7461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: DBF4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7461
ポリマ－17,7461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: DBF4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7461
ポリマ－17,7461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.221, 79.358, 127.419
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A resid 120:220
211chain F resid 120:220
112chain B resid 123:215
212chain G resid 123:215
113chain C resid 122:221
213chain H resid 122:221
114chain D resid 122:224
214chain I resid 122:224
115chain E resid 123:217
215chain J resid 123:217

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

#1: タンパク質
DBF4 / Protein DNA52


分子量: 17746.475 Da / 分子数: 10 / 断片: residues 120-250 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Dbf4 residues 120-250 cloned in the multicloning site of pET15b using NdeI-BamHI
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: D4205, DBF4, DNA52, YD9609.07C, YDR052C / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)STARpRarepLysS / 参照: UniProt: P32325
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 29% PEG 400, 0.05 M MgCl2, 0.1 M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 46363 / Num. obs: 46033 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.7-2.757.20.7952.820.571199.1
7.32-506.40.05519.310.056198.6
5.81-7.326.80.07320.640.073199.4
5.08-5.816.90.07120.180.069199.5
4.62-5.086.90.05723.970.055199.5
4.29-4.626.90.06223.190.059199.5
4.03-4.2970.06821.990.062199.6
3.83-4.0370.07720.340.073199.4
3.66-3.8370.08623.970.074199.5
3.52-3.667.10.08824.110.059199.4
3.4-3.527.10.11618.90.1199.5
3.3-3.47.10.14115.420.114199.2
3.2-3.37.10.1712.570.139199.3
3.12-3.27.10.2239.440.185199.3
3.04-3.127.10.2638.170.204199.3
2.97-3.047.10.3416.260.276199.4
2.91-2.977.20.4235.110.333199.2
2.85-2.917.10.5373.960.416199.2
2.8-2.857.20.5893.610.454199.1
2.75-2.87.20.73230.52199.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.4_159)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→35.52 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1 / 位相誤差: 26.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2441 2233 5.07 %
Rwork0.2046 --
obs0.2066 44042 94.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.796 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.5409 Å20 Å20.1039 Å2
2--0.9392 Å2-0 Å2
3----22.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→35.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8240 0 0 93 8333
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098398
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16111280
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7623188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031400
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A855X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12F855X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.02
21B780X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22G780X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
31C834X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32H834X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
41D868X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42I868X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
51E801X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52J801X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.018
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.75870.33311320.28062307X-RAY DIFFRACTION85
2.7587-2.82290.30131230.27322402X-RAY DIFFRACTION87
2.8229-2.89340.29891110.28012424X-RAY DIFFRACTION88
2.8934-2.97160.34191400.26872421X-RAY DIFFRACTION90
2.9716-3.0590.31351390.26272533X-RAY DIFFRACTION92
3.059-3.15770.31881190.25232604X-RAY DIFFRACTION94
3.1577-3.27050.25671470.23282633X-RAY DIFFRACTION96
3.2705-3.40130.28181540.22062640X-RAY DIFFRACTION97
3.4013-3.5560.26131240.19632728X-RAY DIFFRACTION98
3.556-3.74330.22671430.18842718X-RAY DIFFRACTION98
3.7433-3.97750.20741630.17812688X-RAY DIFFRACTION98
3.9775-4.28410.20561330.17262696X-RAY DIFFRACTION97
4.2841-4.71440.19981400.15572721X-RAY DIFFRACTION99
4.7144-5.39450.18181440.15382715X-RAY DIFFRACTION99
5.3945-6.78870.21821550.18292779X-RAY DIFFRACTION99
6.7887-35.52340.20351660.19042800X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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