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万見
- PDB-3opb: Crystal structure of She4p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3opb
タイトルCrystal structure of She4p
要素SWI5-dependent HO expression protein 4
キーワードPROTEIN BINDING / HEAT and ARM fold / Myosin folding and function / myosin binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


mating type switching / intracellular mRNA localization / myosin binding / actin cytoskeleton organization / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich Repeat Variant - #100 / UNC-45/Cro1/She4, central domain / Myosin-binding striated muscle assembly central / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI5-dependent HO expression protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Shi, H. / Blobel, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: UNC-45/CRO1/She4p (UCS) protein forms elongated dimer and joins two myosin heads near their actin binding region.
著者: Shi, H. / Blobel, G.
履歴
登録2010年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SWI5-dependent HO expression protein 4
B: SWI5-dependent HO expression protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,7622
ポリマ－175,7622
非ポリマー00
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area69330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.022, 149.937, 158.483
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SWI5-dependent HO expression protein 4


分子量: 87880.984 Da / 分子数: 2 / 変異: C4S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SHE4, YOR035C, OR26.26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51534
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE UNK SEQUENCE CORRESPONDING TO RESIDUES 422-440 HAS THE FOLLOWING CHEMICAL COMPOSITION: SNGSSQSINDLKNYADLKG
配列の詳細RESIDUES RANGE 422-440 HAVE POOR DEFINED ELECTRON DENSITY. ONLY 5 RESIDUES CORRESPONDING TO REGION ...RESIDUES RANGE 422-440 HAVE POOR DEFINED ELECTRON DENSITY. ONLY 5 RESIDUES CORRESPONDING TO REGION 426-430 OF CHAIN A COULD BE ASSIGNED TO THE MAIN CHAIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.69 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 200 mM Na citrate, 20% (w/v) PEG 3350, 10 mM DTT, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 285K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID
シンクロトロンNSLS X12C1
シンクロトロンNSLS X29A2
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 2101CCD
ADSC QUANTUM 3152CCD
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.9→45 Å / Num. all: 47498 / Num. obs: 45409 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.79

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解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→43 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.296 2783 random
Rwork0.231 --
all0.32 45119 -
obs0.32 38886 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11874 0 0 141 12015
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.381
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0081

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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