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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3op1 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Macrolide-efflux Protein SP_1110 from Streptococcus pneumoniae | ||||||
![]() | Macrolide-efflux protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta-alpha sandwich / beta barrel / kinase / cytosol | ||||||
機能・相同性 | ![]() riboflavin kinase / FAD synthase / FMN adenylyltransferase activity / FAD biosynthetic process / riboflavin kinase activity / FMN biosynthetic process / riboflavin biosynthetic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Li, H. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Macrolide-efflux Protein SP_1110 from Streptococcus pneumoniae 著者: Kim, Y. / Li, H. / Cobb, G. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 364.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 311 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 507.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 550.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 35211.816 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: TIGR4 / 遺伝子: SP_1110 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 257分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-PEG / #5: 化合物 | ChemComp-ACY / | #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M TRIS pH 8.5 40 %v/v PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月26日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97945 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 36456 / Num. obs: 36456 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 55.22 Å2 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1785 / Rsym value: 0.497 / % possible all: 98.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.793 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.488→35.761 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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