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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3oo2
タイトル
2.37 Angstrom resolution crystal structure of an alanine racemase (alr) from Staphylococcus aureus subsp. aureus COL
要素
Alanine racemase 1
キーワード
ISOMERASE / Alanine Racemase / Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Alanine and Aspartate Metabolism and D-alanine Metabolism / Biosynthesis and degradation of murein sacculus and peptidoglycan
温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 7.6 mg/mL protein in 10 mM Tris/HCl pH 8.3, 0.5 M NaCl, 5 mM BME. Crystals grew from 0.1 M MIB buffer pH 5.0, 25 % (w/v) PEG1500 (The PACT suite condition #14), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
解像度: 2.37→2.41 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 2.66 / Num. unique all: 1494 / % possible all: 100
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
Blu-Ice
Max
データ収集
BALBES
位相決定
REFMAC
5.5.0102
精密化
HKL-3000
データ削減
HKL-3000
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Balbes model 解像度: 2.37→29.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 19.971 / SU ML: 0.218 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.25683
1533
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.19972
-
-
-
obs
0.20259
28741
99.52 %
-
all
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28741
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溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK