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- PDB-3onq: Crystal Structure of Regulator of Polyketide Synthase Expression ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3onq
タイトルCrystal Structure of Regulator of Polyketide Synthase Expression BAD_0249 from Bifidobacterium adolescentis
要素Regulator of polyketide synthase expression
キーワードStructural Genomics / Unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / helix-bundle / alpha-beta-alpha sandwich / Signal transduction / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


PucR C-terminal helix-turn-helix domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #5100 / Alpha-Beta Plaits - #2730 / PucR C-terminal helix-turn-helix domain / PucR C-terminal helix-turn-helix domain superfamily / PucR C-terminal helix-turn-helix domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle ...PucR C-terminal helix-turn-helix domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #5100 / Alpha-Beta Plaits - #2730 / PucR C-terminal helix-turn-helix domain / PucR C-terminal helix-turn-helix domain superfamily / PucR C-terminal helix-turn-helix domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH_30 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium adolescentis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.098 Å
データ登録者Kim, Y. / Wu, R. / Tan, K. / Morales, J. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Regulator of Polyketide Synthase Expression BAD_0249 from Bifidobacterium adolescentis
著者: Kim, Y. / Wu, R. / Tan, K. / Morales, J. / Bearden, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulator of polyketide synthase expression
B: Regulator of polyketide synthase expression
C: Regulator of polyketide synthase expression
D: Regulator of polyketide synthase expression
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,00139
ポリマ－115,6864
非ポリマー3,31535
水14,142785
1
A: Regulator of polyketide synthase expression
C: Regulator of polyketide synthase expression
ヘテロ分子

B: Regulator of polyketide synthase expression
D: Regulator of polyketide synthase expression
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,00139
ポリマ－115,6864
非ポリマー3,31535
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y+1/2,-z+1/21
Buried area13070 Å2
ΔGint-325 kcal/mol
Surface area43370 Å2
手法PISA
2
A: Regulator of polyketide synthase expression
C: Regulator of polyketide synthase expression
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,73622
ポリマ－57,8432
非ポリマー1,89320
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area23140 Å2
手法PISA
3
B: Regulator of polyketide synthase expression
D: Regulator of polyketide synthase expression
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,26417
ポリマ－57,8432
非ポリマー1,42115
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area22880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.452, 93.452, 166.687
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Regulator of polyketide synthase expression


分子量: 28921.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium adolescentis (バクテリア)
株: ATCC 15703 / 遺伝子: BAD_0249 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: A0ZZZ7
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 785 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Bis-Tris-Propane:NaOH pH 7.0, 1.5 M Ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 78815 / Num. obs: 78815 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 31.69 Å2 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 3908 / Rsym value: 0.725 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
BUCCANEERモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.098→39.811 Å / SU ML: 0.3 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 3901 5.05 %random
Rwork0.173 ---
all0.175 77313 --
obs0.175 77313 98.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.213 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.5917 Å20 Å20 Å2
2--3.7708 Å2-0 Å2
3---0.8209 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.098→39.811 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7617 0 187 785 8589
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087974
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03610867
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1872892
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721247
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061399
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.0983-2.17320.25943820.20417210759298
2.1732-2.26020.26513800.21437177755797
2.2602-2.36310.25773870.21167090747796
2.3631-2.48770.25083760.19567215759197
2.4877-2.64350.22523510.19667280763197
2.6435-2.84760.24313910.19267281767298
2.8476-3.1340.22834020.18737366776899
3.134-3.58730.19844010.177674667867100
3.5873-4.51860.16023980.137475327930100
4.5186-39.81790.16944330.157977958228100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2740.10760.00360.7442-0.83111.50150.08150.0273-0.1606-0.16980.08950.10560.2863-0.1519-0.16150.2336-0.0443-0.04860.18160.04480.249147.8729.783559.5799
21.0334-0.49560.16480.3346-0.01390.6783-0.03290.1541-0.0854-0.0031-0.01750.0298-0.0166-0.07960.04990.1297-0.01330.01670.1742-0.02470.1361.126714.070520.8336
30.62510.13610.02530.626-0.10380.46960.049-0.0704-0.08070.02-0.0481-0.0124-0.0288-0.014-0.00390.16440.00110.00310.18530.03550.184466.295647.803572.4027
40.69070.3007-0.81810.7996-0.34841.2525-0.0357-0.2316-0.03050.0637-0.011-0.00540.08620.34490.04350.210.0128-0.02090.27860.0170.204770.53966.034346.2661
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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