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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3onc | ||||||
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タイトル | Bond breakage and relocation of a covalently bound bromine of IDD594 in a complex with hAR T113A mutant after moderate radiation dose | ||||||
![]() | Aldose reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / radiation damage / T113A mutant / TIM barrel / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / aldose reductase / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / NADP-retinol dehydrogenase ...glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / aldose reductase / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / NADP-retinol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / metanephric collecting duct development / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / regulation of urine volume / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / renal water homeostasis / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / epithelial cell maturation / retinal dehydrogenase activity / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / cellular hyperosmotic salinity response / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Koch, C. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Radiation damage reveals promising interaction position 著者: Koch, C. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 163.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 126.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 35737.121 Da / 分子数: 1 / 変異: T113A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 466分子 ![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/LDT.gif)
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![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
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![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
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#3: 化合物 | ChemComp-LDT / |
#4: 化合物 | ChemComp-BR / |
#5: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
配列の詳細 | THIS SEQUENCE CONFLICT HAS BEEN DESCRIBED IN J BIOL CHEM 1989 SEP 5; 264(25): 14775-7 BY CHUNG S, ...THIS SEQUENCE CONFLICT HAS BEEN DESCRIBED IN J BIOL CHEM 1989 SEP 5; 264(25): 14775-7 BY CHUNG S, ET AL., PUBMED ID 2504709 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.36 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 20% PEG 6000, 120mM citrate buffer, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月22日 / 詳細: silicon, Rh-coated |
放射 | モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.06→20 Å / Num. all: 133027 / Num. obs: 133027 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 30.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.06→1.08 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 20.3 / Rsym value: 0.098 / % possible all: 96.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.06→10 Å / Num. parameters: 28313 / Num. restraintsaints: 36077 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56 ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
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Refine analyze | Num. disordered residues: 24 / Occupancy sum hydrogen: 2475 / Occupancy sum non hydrogen: 2995.54 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.06→10 Å
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拘束条件 |
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