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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3on2 | ||||||
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タイトル | Structure of a protein with unknown function from Rhodococcus sp. RHA1 | ||||||
要素 | Probable transcriptional regulator | ||||||
キーワード | structural genomics / unknown function / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodococcus jostii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.96 Å | ||||||
データ登録者 | Fan, Y. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Edwards, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of a protein with unknown function from Rhodococcus sp. RHA1 著者: Fan, Y. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Edwards, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3on2.cif.gz | 344.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3on2.ent.gz | 286.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3on2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3on2_validation.pdf.gz | 1021.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3on2_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3on2_validation.xml.gz | 47.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3on2_validation.cif.gz | 64.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/3on2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/3on2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21043.119 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus jostii (バクテリア) / 株: RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro01040 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0SHW9 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-PG6 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.16 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.2M Li sulfate, 0.1M Bis-Tris pH6.2, 29% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月27日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→50 Å / Num. all: 53066 / Num. obs: 53066 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 34.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→1.99 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 6.18 / Num. unique all: 2557 / % possible all: 94.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.96→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 8.011 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.167 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.704 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.956→2.007 Å / Total num. of bins used: 20
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