+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3om6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of B. megaterium levansucrase mutant Y247A | ||||||
要素 | Levansucrase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / five fold beta-propeller / levansucrase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus megaterium (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å | ||||||
データ登録者 | Strube, C.P. / Homann, A. / Gamer, M. / Jahn, D. / Seibel, J. / Heinz, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Polysaccharide Synthesis of the Levansucrase SacB from Bacillus megaterium Is Controlled by Distinct Surface Motifs. 著者: Strube, C.P. / Homann, A. / Gamer, M. / Jahn, D. / Seibel, J. / Heinz, D.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3om6.cif.gz | 380.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3om6.ent.gz | 307.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3om6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3om6_validation.pdf.gz | 481.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3om6_full_validation.pdf.gz | 496.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3om6_validation.xml.gz | 74 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3om6_validation.cif.gz | 106.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/3om6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/3om6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50980.809 Da / 分子数: 4 / 断片: Levansucrase SacB, UNP residues 29-484 / 変異: Y247A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア) 遺伝子: sacB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5DC07, levansucrase #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-PGE / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.02 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: USING 3 uL OF A 8 MG/ML PROTEIN SOLUTION MIXED WITH 3 uL RESERVOIR BUFFER (0.1 M Na-Phosphate-citrate pH 4.1; 0.2 M lithiumsulfate; 20% (w/v) PEG 1000) IN THE DROPLET. , VAPOR DIFFUSION, ...詳細: USING 3 uL OF A 8 MG/ML PROTEIN SOLUTION MIXED WITH 3 uL RESERVOIR BUFFER (0.1 M Na-Phosphate-citrate pH 4.1; 0.2 M lithiumsulfate; 20% (w/v) PEG 1000) IN THE DROPLET. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å | |||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MX-225 (Rayonics LLC) / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月24日 | |||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
| |||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.96→50.01 Å / Num. all: 118542 / Num. obs: 118067 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 | |||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.96→2.11 Å / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.96→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.863 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 3.396 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 54.76 Å2 / Biso mean: 14.3256 Å2 / Biso min: 2 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→50.01 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.96→2.009 Å / Total num. of bins used: 20
|