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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3om5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of B. megaterium levansucrase mutant N252A | ||||||
![]() | Levansucrase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / five fold beta-propeller / levansucrase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Strube, C.P. / Homann, A. / Gamer, M. / Jahn, D. / Seibel, J. / Heinz, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Polysaccharide Synthesis of the Levansucrase SacB from Bacillus megaterium Is Controlled by Distinct Surface Motifs. 著者: Strube, C.P. / Homann, A. / Gamer, M. / Jahn, D. / Seibel, J. / Heinz, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 381.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 307.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 893.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 914.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 75.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 106.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 51029.879 Da / 分子数: 4 / 断片: Levansucrase SacB, UNP residues 29-484 / 変異: N252A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: sacB / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 1171分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.61 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: USING 3 uL OF A 8 MG/ML PROTEIN SOLUTION MIXED WITH 3 uL RESERVOIR BUFFER (0.1 M Na-Phosphate-citrate pH 4.1; 0.2 M lithiumsulfate; 20% (w/v) PEG 1000) IN THE DROPLET. , VAPOR DIFFUSION, ...詳細: USING 3 uL OF A 8 MG/ML PROTEIN SOLUTION MIXED WITH 3 uL RESERVOIR BUFFER (0.1 M Na-Phosphate-citrate pH 4.1; 0.2 M lithiumsulfate; 20% (w/v) PEG 1000) IN THE DROPLET. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MX225 (Rayonics LLC) / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月21日 | |||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.95→50.01 Å / Num. all: 117898 / Num. obs: 117544 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 | |||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.11 Å / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 51.84 Å2 / Biso mean: 25.7455 Å2 / Biso min: 10.52 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→50.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.955→2.006 Å / Total num. of bins used: 20
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