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- PDB-3om4: Crystal structure of B. megaterium levansucrase mutant K373A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3om4
タイトルCrystal structure of B. megaterium levansucrase mutant K373A
要素Levansucrase
キーワードTRANSFERASE / five fold beta-propeller / levansucrase
機能・相同性
機能・相同性情報


levansucrase / levansucrase activity / carbohydrate utilization / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 68 / Levansucrase/Invertase / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Levansucrase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Strube, C.P. / Homann, A. / Gamer, M. / Jahn, D. / Seibel, J. / Heinz, D.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of B. megaterium levansucrase mutant K373A
著者: Strube, C.P. / Homann, A. / Gamer, M. / Jahn, D. / Seibel, J. / Heinz, D.W.
履歴
登録2010年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Levansucrase
B: Levansucrase
C: Levansucrase
D: Levansucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,84721
ポリマ－204,0594
非ポリマー1,78817
水26,2481457
1
A: Levansucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4075
ポリマ－51,0151
非ポリマー3924
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Levansucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4515
ポリマ－51,0151
非ポリマー4364
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Levansucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5916
ポリマ－51,0151
非ポリマー5775
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Levansucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3975
ポリマ－51,0151
非ポリマー3824
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.585, 100.075, 95.544
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Levansucrase


分子量: 51014.801 Da / 分子数: 4 / 断片: Levansucrase SacB, UNP residues 29-484 / 変異: K373A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: sacB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5DC07, levansucrase

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非ポリマー , 6種, 1474分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1
詳細: USING 3 uL OF A 8 MG/ML PROTEIN SOLUTION MIXED WITH 3 uL RESERVOIR BUFFER (0.1 M Na-Phosphate-citrate pH 4.1; 0.2 M lithiumsulfate; 20% (w/v) PEG 1000) IN THE DROPLET. , VAPOR DIFFUSION, ...詳細: USING 3 uL OF A 8 MG/ML PROTEIN SOLUTION MIXED WITH 3 uL RESERVOIR BUFFER (0.1 M Na-Phosphate-citrate pH 4.1; 0.2 M lithiumsulfate; 20% (w/v) PEG 1000) IN THE DROPLET. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MX-225 ccd-detector from Rayonics (Evanston, USA)
検出器: CCD / 日付: 2009年4月24日
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→47.77 Å / Num. all: 174958 / Num. obs: 172859 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→47.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 2.279 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2133 8763 5 %RANDOM
Rwork0.2015 ---
all0.202 174958 --
obs0.202 174956 98.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 46.51 Å2 / Biso mean: 13.2493 Å2 / Biso min: 3.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å2-0.38 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14152 0 104 1457 15713
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02214672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0231.94519864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.06151822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.36525.855743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.563152473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5191536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.22109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02111320
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.391.58934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.727214431
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.86535738
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4674.55425
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 643 -
Rwork0.292 12145 -
all-12788 -
obs--97.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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