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- PDB-3olb: Poliovirus polymerase elongation complex with 2',3'-dideoxy-ctp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3olb
タイトルPoliovirus polymerase elongation complex with 2',3'-dideoxy-ctp
要素
  • Polymerase
  • RNA (5'-R(*AP*AP*GP*UP*CP*U*CP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*A)-3')
キーワードTRANSFERASE/RNA / RNA-dependent RNA polymerase / elongation complex / virus / protein-RNA complex / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A ...Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / ISOPROPYL ALCOHOL / RNA / RNA (> 10) / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human poliovirus 1 (ポリオウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Gong, P. / Peersen, O.B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural basis for active site closure by the poliovirus RNA-dependent RNA polymerase.
著者: Gong, P. / Peersen, O.B.
履歴
登録2010年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Polymerase
B: RNA (5'-R(*AP*AP*GP*UP*CP*U*CP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
C: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*A)-3')
E: Polymerase
F: RNA (5'-R(*AP*AP*GP*UP*CP*U*CP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
G: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')
H: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*A)-3')
I: Polymerase
J: RNA (5'-R(*AP*AP*GP*UP*CP*U*CP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
K: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')
L: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*A)-3')
M: Polymerase
N: RNA (5'-R(*AP*AP*GP*UP*CP*U*CP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
O: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')
P: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,10736
ポリマ－278,31916
非ポリマー2,78720
水16,177898
1
A: Polymerase
B: RNA (5'-R(*AP*AP*GP*UP*CP*U*CP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
C: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2178
ポリマ－69,5804
非ポリマー6374
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Polymerase
F: RNA (5'-R(*AP*AP*GP*UP*CP*U*CP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
G: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')
H: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,33710
ポリマ－69,5804
非ポリマー7576
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: Polymerase
J: RNA (5'-R(*AP*AP*GP*UP*CP*U*CP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
K: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')
L: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2779
ポリマ－69,5804
非ポリマー6975
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
M: Polymerase
N: RNA (5'-R(*AP*AP*GP*UP*CP*U*CP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
O: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')
P: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2779
ポリマ－69,5804
非ポリマー6975
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.528, 60.539, 192.936
Angle α, β, γ (deg.)83.82, 83.84, 77.35
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25
16
26
17
27
18
28

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A
211chain E
112chain I
212chain M
113chain B
213chain F
114chain J
214chain N
115chain C
215chain G
116chain K
216chain O
117chain D
217chain H
118chain L
218chain P

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AEIM

#1: タンパク質
Polymerase


分子量: 53761.195 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 1749-2209 / 変異: L446D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 1 (ポリオウイルス)
株: Mahoney / 遺伝子: 3D / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3VQP5, RNA-directed RNA polymerase

-
RNA鎖 , 3種, 12分子 BFJNCGKODHLP

#2: RNA鎖
RNA (5'-R(*AP*AP*GP*UP*CP*U*CP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*A)-3')


分子量: 8279.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA prepared by T7 RNA polymerase transcription followed by glmS ribozyme self-cleavage
#3: RNA鎖
RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')


分子量: 4563.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: 5' portion was generated by chemical synthesis. The 3'-tetranucleotide was added to the RNA chain by poliovirus RNA-dependent RNA polymerase
#4: RNA鎖
RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*A)-3')


分子量: 2974.854 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA prepared by T7 RNA polymerase transcription followed by glmS ribozyme self-cleavage

-
非ポリマー , 4種, 918分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-DCT / 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / ddCTP


タイプ: DNA linking / 分子量: 451.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O12P3
#7: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 898 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 95 mM trisodium citrate, pH 5.6-5.9, 6.5-7.0% (v/v) isopropanol, 16.5-18.0% (w/v) PEG4000, 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
PH範囲: 5.6-5.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月8日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.23 Å / Num. obs: 149534 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 1.97 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 1.85 % / Rmerge(I) obs: 0.646 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RA6

1ra6


解像度: 2.41→45.226 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 2.06 / 位相誤差: 36.09 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: WHILE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS DATA TO 2.10 A RESOLUTION, DATA WERE REFINED TO 2.41 A
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2613 4981 5.03 %
Rwork0.2173 --
obs0.2196 98983 96.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.498 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.3597 Å23.1097 Å25.3705 Å2
2--3.3391 Å2-2.3024 Å2
3----10.6989 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→45.226 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14788 3014 160 898 18860
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00818660
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06325938
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6597348
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0682928
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052752
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3698X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12E3698X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
21I3698X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22M3698X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.03
31B361X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32F361X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.02
41J381X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42N381X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
51C303X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52G303X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
61K303X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62O303X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
71D68X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
72H68X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
81L91X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
82P91X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.41-2.43740.49751620.40723084X-RAY DIFFRACTION96
2.4374-2.46610.44011670.4063043X-RAY DIFFRACTION97
2.4661-2.49610.37261630.35353134X-RAY DIFFRACTION97
2.4961-2.52770.34441670.34373210X-RAY DIFFRACTION97
2.5277-2.5610.42451590.37913059X-RAY DIFFRACTION97
2.561-2.59610.43421600.373138X-RAY DIFFRACTION97
2.5961-2.63310.39091740.34863238X-RAY DIFFRACTION97
2.6331-2.67240.41191780.34853011X-RAY DIFFRACTION97
2.6724-2.71420.44541490.33963188X-RAY DIFFRACTION97
2.7142-2.75870.43711460.32873196X-RAY DIFFRACTION97
2.7587-2.80630.40621470.31013080X-RAY DIFFRACTION97
2.8063-2.85730.33811470.28793182X-RAY DIFFRACTION97
2.8573-2.91220.36651680.2683152X-RAY DIFFRACTION97
2.9122-2.97170.34751410.25473087X-RAY DIFFRACTION97
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3.0363-3.10690.30011740.24053053X-RAY DIFFRACTION97
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3.3668-3.47550.22921780.21153033X-RAY DIFFRACTION97
3.4755-3.59960.27241720.20233196X-RAY DIFFRACTION97
3.5996-3.74370.21541700.17663112X-RAY DIFFRACTION97
3.7437-3.9140.23161790.16973151X-RAY DIFFRACTION98
3.914-4.12020.20281660.14573152X-RAY DIFFRACTION98
4.1202-4.37820.16821640.13533183X-RAY DIFFRACTION98
4.3782-4.71590.16461580.13153216X-RAY DIFFRACTION98
4.7159-5.18980.191580.15683126X-RAY DIFFRACTION98
5.1898-5.93940.22621770.22893166X-RAY DIFFRACTION97
5.9394-7.47750.30991790.28473142X-RAY DIFFRACTION97
7.4775-45.23370.25031550.22122912X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5779-0.4178-0.20590.38940.44950.46310.0737-0.4651-0.11920.22120.14420.1446-0.0892-0.8236-00.4959-0.0636-0.02860.71170.07710.379212.831218.2248132.0615
20.60610.39210.42680.31960.23650.49310.00910.06370.0974-0.2487-0.0511-0.1186-0.2619-0.006500.44540.0286-0.05080.3235-0.02230.372733.24932.9368132.7188
30.5981-0.42710.4530.7388-0.05020.7719-0.00180.0761-0.0201-0.1166-0.0075-0.07510.0231-0.1876-00.38140.0106-0.05410.338-0.00640.354122.535218.8883100.2345
40.61030.136-0.20251.79790.39411.05530.0199-0.0375-0.03730.14210.0264-0.09810.1477-0.013900.40920.0228-0.03880.3210.00660.350534.79824.7715124.5849
50.3467-0.11560.26790.5773-0.17140.7161-0.03790.21050.1138-0.41360.2789-0.2161-0.91690.3436-00.718-0.11740.05730.5154-0.06640.40173.623966.876464.961
60.13030.24980.32530.42540.47180.7965-0.1168-0.1442-0.10980.06880.06440.2957-0.2569-0.43600.39480.0588-0.02150.4635-0.020.368254.805650.171264.3051
70.7324-0.57020.12290.62160.4540.8221-0.0563-0.1463-0.02690.08510.08140.0355-0.18570.018900.354-0.00420.00760.3527-0.04130.345970.84657.558996.7895
81.4698-0.0130.18080.5896-0.39971.1522-0.00690.0519-0.1124-0.05690.0092-0.0603-0.06950.1281-00.36170.05210.00630.3868-0.05380.377981.942642.499172.4441
90.4672-0.421-0.29770.52720.18270.53450.0506-0.106-0.0417-0.0010.11350.0891-0.1332-0.567100.4278-0.020.00620.63040.02130.393735.400945.028636.7046
100.62540.26340.3680.2755-0.04040.3317-0.01450.11990.0446-0.037-0.0577-0.2453-0.30040.1626-00.51070.038-0.02780.3725-0.01720.37455.961259.291237.0184
111.3658-0.8210.72160.72810.24280.97020.06710.19950.0472-0.2414-0.095-0.1048-0.0165-0.1952-00.41420.0276-0.04010.33580.03060.380445.087445.09054.7452
120.55960.4032-0.03271.47930.56691.21190.0392-0.0405-0.03720.0907-0.0376-0.08480.2441-0.014100.3710.0254-0.04420.26990.01770.314857.363130.916829.0805
130.2415-0.39470.15910.462-0.08520.60470.0816-0.01520.0934-0.13960.1168-0.1556-0.70010.0918-00.7297-0.0870.03590.4636-0.02810.441795.586693.1889-30.7762
140.0470.1749-0.01060.56950.28410.4935-0.0802-0.0149-0.10630.05910.10760.2673-0.1451-0.4791-00.43370.0498-0.01510.4964-0.00530.402377.175976.2461-31.0882
150.4823-0.69920.16561.02620.67181.1448-0.0851-0.2083-0.07250.10660.12750.1246-0.2902-0.0576-00.35080.02410.01840.3498-0.04650.358793.401883.76071.1854
161.38280.16180.23510.4994-0.20591.2141-0.04520.0891-0.1134-0.05690.029-0.0396-0.03170.190400.31420.04280.01740.3596-0.0570.3543104.546868.6738-23.1451
170.01220.00920.0040.01720.0160.0077-0.42030.3416-0.2511-0.1792-0.31480.228-0.6927-0.0822-01.15420.1585-0.19830.74580.03670.62415.274536.1754125.5933
180.8125-0.06290.36211.12880.88980.7283-0.1612-0.03080.0647-0.38550.1885-0.0889-0.05210.1284-00.5031-0.08140.08270.37290.02070.457834.546329.5784111.1362
190.0098-0.012-0.00570.0072-0.00270.0032-0.3068-0.50220.38510.0542-0.4057-0.3711-0.1765-0.1906-00.89810.2659-0.05011.0095-0.21190.65555.570268.40971.4106
201.3173-0.2431.12790.86150.29381.18820.0811-0.3181-0.01810.0521-0.05760.16160.1573-0.104600.3967-0.04790.08220.46530.03590.465557.812848.182385.8965
210.010.0018-0.02020.00640.00570.0198-0.39210.10080.2216-0.1624-0.50540.2193-0.31010.1346-01.32540.2237-0.16040.7257-0.13450.83237.810262.403529.7226
220.7688-0.17540.4310.91320.52020.5771-0.11710.02980.1055-0.36530.1179-0.1803-0.17380.164200.4794-0.09020.07460.35330.04850.427657.173655.733515.5826
230.0056-0.0093-0.00710.0052-0.01230.012-0.6055-0.0880.41380.0508-0.2204-0.1694-0.21090.0229-01.05060.3904-0.1550.99-0.01240.857378.091994.6147-23.8392
241.1547-0.36140.73221.00570.52050.9937-0.0117-0.3863-0.09580.0265-0.03130.11970.2953-0.26400.4356-0.08050.09150.50020.02470.463980.381874.2865-9.6533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 1:25 or resid 39:65 or resid 153:180 or resid 269:284)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 102:152
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 26:38 or resid 369:461)
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resid 66:101 or resid 181:268 or resid 285:368)
5X-RAY DIFFRACTION5chain E and (resid 1:25 or resid 39:65 or resid 153:180 or resid 269:284)
6X-RAY DIFFRACTION6chain E and resid 102:152
7X-RAY DIFFRACTION7chain E and (resid 26:38 or resid 369:461)
8X-RAY DIFFRACTION8chain E and (resid 66:101 or resid 181:268 or resid 285:368)
9X-RAY DIFFRACTION9chain I and (resid 1:25 or resid 39:65 or resid 153:180 or resid 269:284)
10X-RAY DIFFRACTION10chain I and resid 102:152
11X-RAY DIFFRACTION11chain I and (resid 26:38 or resid 369:461)
12X-RAY DIFFRACTION12chain I and (resid 66:101 or resid 181:268 or resid 285:368)
13X-RAY DIFFRACTION13chain M and (resid 1:25 or resid 39:65 or resid 153:180 or resid 269:284)
14X-RAY DIFFRACTION14chain M and resid 102:152
15X-RAY DIFFRACTION15chain M and (resid 26:38 or resid 369:461)
16X-RAY DIFFRACTION16chain M and (resid 66:101 or resid 181:268 or resid 285:368)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 595:599) or (chain D and resid 1:4)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 600:613) or (chain C and resid 688:702)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain F and resid 595:599) or (chain H and resid 1:4)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain F and resid 600:613) or (chain G and resid 688:702)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain J and resid 596:599) or (chain L and resid 1:3)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain J and resid 600:613) or (chain K and resid 688:702)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain N and resid 596:599) or (chain P and resid 1:3)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain N and resid 600:613) or (chain O and resid 688:702)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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