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- PDB-3ol9: Poliovirus polymerase elongation complex with 3'-deoxy-CTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ol9
タイトルPoliovirus polymerase elongation complex with 3'-deoxy-CTP
要素
  • Polymerase
  • RNA (5'-R(*AP*AP*GP*UP*CP*UP*CP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*(O2C))-3')
  • RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*A)-3')
キーワードTRANSFERASE/RNA / RNA-dependent RNA polymerase / elongation complex / virus / protein-RNA complex / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A ...Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / PYROPHOSPHATE 2- / RNA / RNA (> 10) / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human poliovirus 1 (ポリオウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Gong, P. / Peersen, O.B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural basis for active site closure by the poliovirus RNA-dependent RNA polymerase.
著者: Gong, P. / Peersen, O.B.
履歴
登録2010年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Polymerase
B: RNA (5'-R(*AP*AP*GP*UP*CP*UP*CP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
C: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*(O2C))-3')
D: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*A)-3')
E: Polymerase
F: RNA (5'-R(*AP*AP*GP*UP*CP*UP*CP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
G: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*(O2C))-3')
H: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*A)-3')
I: Polymerase
J: RNA (5'-R(*AP*AP*GP*UP*CP*UP*CP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
K: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*(O2C))-3')
L: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*A)-3')
M: Polymerase
N: RNA (5'-R(*AP*AP*GP*UP*CP*UP*CP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
O: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*(O2C))-3')
P: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,34339
ポリマ－279,47616
非ポリマー1,86723
水19,5821087
1
A: Polymerase
B: RNA (5'-R(*AP*AP*GP*UP*CP*UP*CP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
C: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*(O2C))-3')
D: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,41111
ポリマ－69,8694
非ポリマー5427
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Polymerase
F: RNA (5'-R(*AP*AP*GP*UP*CP*UP*CP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
G: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*(O2C))-3')
H: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2919
ポリマ－69,8694
非ポリマー4225
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: Polymerase
J: RNA (5'-R(*AP*AP*GP*UP*CP*UP*CP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
K: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*(O2C))-3')
L: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2919
ポリマ－69,8694
非ポリマー4225
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
M: Polymerase
N: RNA (5'-R(*AP*AP*GP*UP*CP*UP*CP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
O: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*(O2C))-3')
P: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,35110
ポリマ－69,8694
非ポリマー4826
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.499, 60.555, 192.353
Angle α, β, γ (deg.)83.69, 83.67, 77.45
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25
16
26
17
27
18
28

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A
211chain E
112chain I
212chain M
113chain B
213chain F
114chain J
214chain N
115chain C
215chain G
116chain K
216chain O
117chain D
217chain H
118chain L
218chain P

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AEIM

#1: タンパク質
Polymerase


分子量: 53761.195 Da / 分子数: 4 / 変異: L446D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 1 (ポリオウイルス)
株: Mahoney / 遺伝子: 3D / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3VQP5, RNA-directed RNA polymerase

-
RNA鎖 , 3種, 12分子 BFJNCGKODHLP

#2: RNA鎖
RNA (5'-R(*AP*AP*GP*UP*CP*UP*CP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*A)-3')


分子量: 8279.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA prepared by T7 RNA polymerase transcription followed by glmS ribozyme self-cleavage
#3: RNA鎖
RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*(O2C))-3')


分子量: 4853.009 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: 5' portion was generated by chemical synthesis. The 3'-tetranucleotide was added to the RNA chain by poliovirus RNA-dependent RNA polymerase
#4: RNA鎖
RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*A)-3')


分子量: 2974.854 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA prepared by T7 RNA polymerase transcription followed by glmS ribozyme self-cleavage

-
非ポリマー , 4種, 1110分子

#5: 化合物
ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#6: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#7: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1087 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 95 mM trisodium citrate, pH 5.6-5.9, 6.5-7.0% (v/v) isopropanol, 16.5-18.0% (w/v) PEG4000, 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
PH範囲: 5.6-5.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月13日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.16 Å / Num. obs: 140748 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 1.75 % / Rmerge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 85.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RA6

1ra6


解像度: 2.25→41.376 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 2 / 位相誤差: 34.31 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: WHILE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS DATA TO 2.10 A RESOLUTION, DATA WERE REFINED TO 2.25 A
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 2019 1.74 %
Rwork0.203 --
obs0.2038 115744 92.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.792 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.6133 Å23.1007 Å2-1.9839 Å2
2--6.1944 Å22.2148 Å2
3----13.8077 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→41.376 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14788 3090 100 1087 19065
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00718673
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06425951
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3147340
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0672932
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052752
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3698X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12E3698X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.018
21I3698X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22M3698X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
31B361X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32F361X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
41J381X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42N381X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.164
51C322X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52G322X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
61K322X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62O322X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
71D68X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
72H68X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
81L91X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
82P91X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.30630.39871130.35497623X-RAY DIFFRACTION87
2.3063-2.36860.35931390.31267627X-RAY DIFFRACTION87
2.3686-2.43830.32451390.30157677X-RAY DIFFRACTION87
2.4383-2.5170.38761440.30747744X-RAY DIFFRACTION88
2.517-2.60690.3321290.32217795X-RAY DIFFRACTION89
2.6069-2.71130.39471530.27497901X-RAY DIFFRACTION90
2.7113-2.83470.39481440.26437998X-RAY DIFFRACTION92
2.8347-2.98410.29171370.23788186X-RAY DIFFRACTION93
2.9841-3.1710.30081550.22418458X-RAY DIFFRACTION95
3.171-3.41570.24881510.21118463X-RAY DIFFRACTION97
3.4157-3.75920.23811490.18878628X-RAY DIFFRACTION98
3.7592-4.30270.2011580.15098580X-RAY DIFFRACTION98
4.3027-5.41910.16161560.14798616X-RAY DIFFRACTION98
5.4191-41.3830.24091520.19358429X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4752-0.4777-0.37590.60720.12070.70730.2183-0.4748-0.040.2434-0.1280.16840.0406-0.688300.4795-0.1060.00030.84760.04770.432312.889518.6431131.7651
20.51860.20630.64010.36640.16390.7279-0.0332-0.1950.1207-0.3037-0.1096-0.0175-0.3843-0.0554-00.50290.0218-0.01260.3323-0.01620.376633.535533.0988132.4887
30.627-0.51090.70250.6667-0.36741.1290.06620.0683-0.0735-0.2042-0.08280.016-0.0676-0.2478-00.3590.0139-0.03750.2947-0.00570.326522.844218.9308100.0775
40.21140.2218-0.13391.29690.37981.45380.0757-0.0982-0.03920.1415-0.0432-0.06150.2195-0.0716-00.39140.0171-0.04780.25750.0310.367334.92614.8753124.4149
50.3462-0.27310.2740.5494-0.57630.7561-0.14230.28620.1311-0.26940.1964-0.0642-0.72340.21-00.821-0.18350.02730.51160.00270.417473.395767.184264.9462
60.47640.40720.28430.39940.37830.6422-0.1628-0.1808-0.0396-0.02780.04270.1144-0.1149-0.373300.33420.047-0.01520.4922-0.01790.384454.787750.187764.2152
70.5319-0.4362-0.16150.58590.6861.0586-0.1099-0.18810.00120.12150.0868-0.051-0.27010.0082-00.28210.0412-0.00980.3166-0.04640.288170.94357.522596.6314
81.28330.03880.38550.3273-0.17791.4232-0.03560.1756-0.0654-0.0460.0455-0.01560.00530.23700.2390.03840.01960.3471-0.04960.341382.025642.671772.2874
90.684-0.6587-0.19340.7350.0290.43470.1422-0.2659-0.15580.07260.04890.1531-0.1073-0.720200.3804-0.02850.01120.75230.07670.427435.395345.171236.8321
100.4620.04390.41960.2209-0.23070.5880.07280.00360.02870.0792-0.0765-0.206-0.6429-0.1306-00.48440.0187-0.00160.32750.00620.338956.122459.322937.0719
110.9723-0.56060.93450.3399-0.341.22850.16460.09730.0018-0.3477-0.1010.0081-0.0552-0.252500.38590.0466-0.0450.33150.01090.373245.083645.00434.9538
120.54770.2610.19471.42380.25331.70190.1434-0.112-0.08080.1075-0.0622-0.04520.3448-0.089500.3222-0.0205-0.06870.2490.05140.364257.299330.909229.2374
130.6239-0.51370.06780.7834-0.2760.39370.04430.20790.1535-0.24120.0749-0.1175-0.84610.053900.7399-0.0960.06940.41750.03080.427695.119293.0967-30.5511
140.31950.2134-0.02470.41530.42650.51950.01580.0232-0.17020.0940.06290.145-0.3457-0.583500.35570.05820.01990.5258-0.01750.362676.793175.9527-30.7937
150.3938-0.5341-0.03040.93510.84811.1628-0.1591-0.32160.02210.21260.2204-0.0322-0.29530.0172-00.38790.05640.01130.3695-0.05390.359993.17383.59651.3259
161.2910.09150.53850.44620.06881.5695-0.05620.1759-0.0606-0.05110.1203-0.0476-0.00110.352-00.22080.00180.03010.3537-0.07610.3376104.264368.6078-22.9635
170.0034-0.0117-0.00270.02110.00710.001-0.81770.32160.3721-0.3803-0.45730.4546-0.5263-0.330801.45910.2834-0.22440.77820.0510.695815.534236.5881125.2567
181.205-0.24940.88671.39131.06411.566-0.12890.23260.1324-0.38080.17940.0432-0.42910.111900.5453-0.09330.03620.36030.06050.361434.51329.0992111.3002
190.0196-0.01210.00810.0035-0.00470.0019-0.5069-0.2720.30050.1174-0.61190.1669-0.4054-0.397700.84060.37590.0060.8971-0.23230.61855.300768.516171.4801
201.3539-0.36941.19761.06870.49041.56850.0296-0.45380.08880.12670.00660.13930.0564-0.3911-00.4206-0.04830.05270.57770.05640.400758.485948.339985.4119
210.01480.0079-0.02190.0216-0.01340.0144-0.52560.17230.2862-0.3486-0.59550.4446-0.5493-0.362601.18930.3125-0.1940.76720.04830.587737.994162.537929.7368
221.2253-0.16251.22751.4290.90021.7806-0.10620.16090.0937-0.38980.1338-0.0068-0.4690.219100.5233-0.11870.04270.36270.05560.346356.891155.125316.061
230.00440.0034-0.00660.0056-0.01390.013-0.8433-0.21290.51390.0454-0.38070.1833-0.4229-0.3265-00.90850.3948-0.05790.9153-0.1960.631777.615894.3491-23.4266
241.4132-0.43570.94751.10770.85191.6858-0.0361-0.3891-0.03760.0220.04580.08680.1813-0.4097-00.3108-0.070.0710.47430.04310.303280.737274.2668-9.7796
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 1:25 or resid 39:65 or resid 153:180 or resid 269:284)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 102:152
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 26:38 or resid 369:461)
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resid 66:101 or resid 181:268 or resid 285:368)
5X-RAY DIFFRACTION5chain E and (resid 1:25 or resid 39:65 or resid 153:180 or resid 269:284)
6X-RAY DIFFRACTION6chain E and resid 102:152
7X-RAY DIFFRACTION7chain E and (resid 26:38 or resid 369:461)
8X-RAY DIFFRACTION8chain E and (resid 66:101 or resid 181:268 or resid 285:368)
9X-RAY DIFFRACTION9chain I and (resid 1:25 or resid 39:65 or resid 153:180 or resid 269:284)
10X-RAY DIFFRACTION10chain I and resid 102:152
11X-RAY DIFFRACTION11chain I and (resid 26:38 or resid 369:461)
12X-RAY DIFFRACTION12chain I and (resid 66:101 or resid 181:268 or resid 285:368)
13X-RAY DIFFRACTION13chain M and (resid 1:25 or resid 39:65 or resid 153:180 or resid 269:284)
14X-RAY DIFFRACTION14chain M and resid 102:152
15X-RAY DIFFRACTION15chain M and (resid 26:38 or resid 369:461)
16X-RAY DIFFRACTION16chain M and (resid 66:101 or resid 181:268 or resid 285:368)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 595:599) or (chain D and resid 1:4)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 600:613) or (chain C and resid 688:702)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain F and resid 595:599) or (chain H and resid 1:4)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain F and resid 600:613) or (chain G and resid 688:702)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain J and resid 596:599) or (chain L and resid 1:3)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain J and resid 600:613) or (chain K and resid 688:702)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain N and resid 596:599) or (chain P and resid 1:3)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain N and resid 600:613) or (chain O and resid 688:702)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る