+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ol8 | ||||||
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Title | Poliovirus polymerase elongation complex with CTP-Mn | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/RNA / RNA-dependent RNA polymerase / elongation complex / virus / protein-RNA complex / TRANSFERASE-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Human poliovirus 1 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.75 Å | ||||||
Authors | Gong, P. / Peersen, O.B. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2010 Title: Structural basis for active site closure by the poliovirus RNA-dependent RNA polymerase. Authors: Gong, P. / Peersen, O.B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
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PDB format | pdb3ol8.ent.gz | 749.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ol8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3ol8_validation.pdf.gz | 609.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3ol8_full_validation.pdf.gz | 680 KB | Display | |
Data in XML | 3ol8_validation.xml.gz | 83.4 KB | Display | |
Data in CIF | 3ol8_validation.cif.gz | 114.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/3ol8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/3ol8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3ol6C 3ol7C 3ol9C 3olaC 3olbC 1ra6S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules AEIM
#1: Protein | Mass: 53761.195 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 1749-2209 / Mutation: L446D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human poliovirus 1 / Strain: Mahoney / Gene: 3D / Plasmid: pET26b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: B3VQP5, RNA-directed RNA polymerase |
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-RNA chain , 3 types, 12 molecules BFJNCGKODHLP
#2: RNA chain | Mass: 8279.961 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically Details: RNA prepared by T7 RNA polymerase transcription followed by glmS ribozyme self-cleavage #3: RNA chain | Mass: 4869.009 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically Details: 5' portion was generated by chemical synthesis. The 3'-tetranucleotide was added to the RNA chain by poliovirus RNA-dependent RNA polymerase #4: RNA chain | Mass: 2974.854 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically Details: RNA prepared T7 RNA polymerase transcription followed by glmS ribozyme self-cleavage |
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-Non-polymers , 6 types, 477 molecules
#5: Chemical | ChemComp-ZN / #6: Chemical | ChemComp-MN / #7: Chemical | ChemComp-POP / #8: Chemical | ChemComp-IPA / #9: Chemical | ChemComp-GOL / #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 49.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 283 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 95 mM trisodium citrate, pH 5.6-5.9, 6.5-7.0% (v/v) isopropanol, 16.5-18.0% (w/v) PEG4000, 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K PH range: 5.6-5.9 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 4.2.2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: NOIR-1 / Detector: CCD / Date: Dec 2, 2009 |
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→47.69 Å / Num. obs: 101200 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 1.98 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 4.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / Redundancy: 1.84 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. measured obs: 18115 / Num. unique obs: 9836 / Χ2: 0.72 / % possible all: 95 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1RA6 Resolution: 2.75→44.159 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / Phase error: 35.96 / Stereochemistry target values: Engh & Huber Details: WHILE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS DATA TO 2.40 A RESOLUTION, DATA WERE REFINED TO 2.75 A
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 71.279 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 72.2483 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.75→44.159 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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