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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ol7 | ||||||
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タイトル | Poliovirus polymerase elongation complex with CTP | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/RNA / RNA-dependent RNA polymerase / elongation complex / virus / protein-RNA complex / TRANSFERASE-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gong, P. / Peersen, O.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for active site closure by the poliovirus RNA-dependent RNA polymerase. 著者: Gong, P. / Peersen, O.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 923.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 758.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 636.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 721.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 88.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 121.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 AEIM
#1: タンパク質 | 分子量: 53761.195 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 1749-2209 / 変異: L446D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Mahoney / 遺伝子: 3D / プラスミド: pET26b / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: B3VQP5, UniProt: P03300*PLUS, RNA-directed RNA polymerase |
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-RNA鎖 , 3種, 12分子 BFJNCGKODHLP
#2: RNA鎖 | 分子量: 8279.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 詳細: RNA prepared by T7 RNA polymerase transcription followed by glmS ribozyme self-cleavage #3: RNA鎖 | 分子量: 4869.009 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 詳細: 5' portion was generated by chemical synthesis. The 3'-pentanucleotide was added to the RNA chain by poliovirus RNA-dependent RNA polymerase #4: RNA鎖 | 分子量: 2974.854 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 詳細: RNA prepared by T7 RNA polymerase transcription followed by glmS ribozyme self-cleavage |
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-非ポリマー , 7種, 590分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/POP.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
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![](data/chem/img/GOL.gif)
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![](data/chem/img/POP.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | ChemComp-POP / #7: 化合物 | ChemComp-IPA / #8: 化合物 | ChemComp-PEG / #9: 化合物 | ChemComp-ZN / #10: 化合物 | ChemComp-GOL / #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.85 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 95 mM trisodium citrate, pH 5.6-5.9, 6.5-7.0% (v/v) isopropanol, 16.5-18.0% (w/v) PEG4000, 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K PH範囲: 5.6-5.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月14日 |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→48.084 Å / Num. all: 103933 / Num. obs: 101677 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 2.03 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 4.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 1.91 % / Rmerge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. measured obs: 19270 / Num. unique obs: 10086 / Χ2: 1.08 / % possible all: 97 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1RA6 解像度: 2.7→48.084 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 37.07 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: WHILE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS DATA TO 2.40 A RESOLUTION, DATA WERE REFINED TO 2.70 A
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.814 Å2 / ksol: 0.305 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.0108 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.084 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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