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万見
- PDB-3oja: Crystal structure of LRIM1/APL1C complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oja
タイトルCrystal structure of LRIM1/APL1C complex
要素
  • Anopheles Plasmodium-responsive Leucine-rich repeat protein 1
  • Leucine-rich Immune Molecule 1
キーワードPROTEIN BINDING / coiled-coil / helix-loop-helix / leucine-rich repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to symbiont / protein stabilization / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #140 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4090 / : / Dimerization domain in LRIM1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #340 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #140 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4090 / : / Dimerization domain in LRIM1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #340 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Leucine-rich repeat domain superfamily / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Baxter, R.H.G. / Deisenhofer, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: A heterodimeric complex of the LRR proteins LRIM1 and APL1C regulates complement-like immunity in Anopheles gambiae.
著者: Baxter, R.H. / Steinert, S. / Chelliah, Y. / Volohonsky, G. / Levashina, E.A. / Deisenhofer, J.
履歴
登録2010年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine-rich Immune Molecule 1
B: Anopheles Plasmodium-responsive Leucine-rich repeat protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,5009
ポリマ－124,2872
非ポリマー3,2137
水11,043613
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14270 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area51920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.890, 110.890, 168.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Leucine-rich Immune Molecule 1


分子量: 55097.066 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-509 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
株: G3 / 遺伝子: AGAP006348, LRIM1 / プラスミド: Bac-to-Bac / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7Q5N3
#2: タンパク質 Anopheles Plasmodium-responsive Leucine-rich repeat protein 1


分子量: 69190.023 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 140-729 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
株: G3 / 遺伝子: AGAP007033, APL1C / プラスミド: Bac-to-Bac / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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糖 , 3種, 7分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 613分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 613 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 1000, 0.1M NaCl, 50 mM Na-Hepes, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 56906 / Num. obs: 56906 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 39.834 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 7.44
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.7-2.770.7152.117338417099.7
2.77-2.850.5872.516856404799.7
2.85-2.930.4842.916449394899.7
2.93-3.020.4273.316093386099.8
3.02-3.120.34415514372499.8
3.12-3.230.263514915359799.7
3.23-3.350.216614365348299.8
3.35-3.490.1737.213915336899.7
3.49-3.640.1388.613360323299.8
3.64-3.820.1219.712659309099.7
3.82-4.020.10810.612093294499.6
4.02-4.270.111.411393279699.5
4.27-4.560.09711.910712261799.4
4.56-4.930.09212.49866243399.1
4.93-5.40.09911.89140226199.2
5.4-6.040.1110.68287205298.7
6.04-6.970.103117187182898.5
6.97-8.540.08313.26071154798.1
8.54-12.070.06915.74821122197.8
12.07-500.06316.5255168992.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 53.29 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å49.23 Å
Translation3 Å49.23 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→45.56 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.37 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2651 2880 5.07 %RANDOM
Rwork0.2051 ---
all0.2082 57165 --
obs0.2082 56839 99.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.161 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 116.87 Å2 / Biso mean: 37.5566 Å2 / Biso min: 4.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6008 Å20 Å20 Å2
2---0.0764 Å2-0 Å2
3---0.6772 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8203 0 212 613 9028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01416940
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34730524
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062612
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0364456
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7001-2.74440.31461150.228625602675100
2.7444-2.79170.31921340.221125412675100
2.7917-2.84240.30391450.223525552700100
2.8424-2.89710.26651370.210225252662100
2.8971-2.95620.28171320.227825482680100
2.9562-3.02050.31751450.221325432688100
3.0205-3.09070.28151370.214725442681100
3.0907-3.1680.29881090.204625782687100
3.168-3.25360.29331400.204325682708100
3.2536-3.34930.27521460.205825182664100
3.3493-3.45740.27331390.190825662705100
3.4574-3.58090.23631480.175325562704100
3.5809-3.72430.22071380.168325602698100
3.7243-3.89370.21991530.154725532706100
3.8937-4.09880.2271240.153826042728100
4.0988-4.35540.19431390.153325432682100
4.3554-4.69140.21671360.14832597273399
4.6914-5.16290.19831270.1432598272599
5.1629-5.90870.22731310.17562609274099
5.9087-7.4390.26341480.21542621276999
7.439-45.56650.28841570.23642672282997

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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