PDB-3oir: Crystal structure of sulfate transporter family protein from Woli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oir

タイトル

Crystal structure of sulfate transporter family protein from Wolinella succinogenes

要素

SULFATE TRANSPORTER SULFATE TRANSPORTER FAMILY PROTEIN

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / PSI-2 / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative / MCSG / SULFATE TRANSPORTER

機能・相同性

機能・相同性情報

inorganic anion transmembrane transport / monoatomic anion transmembrane transporter activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Wolinella succinogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Chang, C. / Tesar, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of sulfate transporter family protein from Wolinella succinogenes
著者: Chang, C. / Tesar, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oir.cif.gz	117.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oir.ent.gz	98.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oir.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3oir_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3oir_full_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示
XML形式データ	3oir_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	3oir_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/3oir ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/3oir	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4dgf-1 2wmy-4 3o5r-d 2wmy-8 2y76-d 4cky-d 2wmy-5 6vuq-2 2wja-2 4drm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC36770.3

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: SULFATE TRANSPORTER SULFATE TRANSPORTER FAMILY PROTEIN

B: SULFATE TRANSPORTER SULFATE TRANSPORTER FAMILY PROTEIN

ヘテロ分子

30.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SULFATE TRANSPORTER SULFATE TRANSPORTER FAMILY PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SULFATE TRANSPORTER SULFATE TRANSPORTER FAMILY PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.804, 105.423, 37.698
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	SULFATE TRANSPORTER SULFATE TRANSPORTER FAMILY PROTEIN 分子量: 15217.916 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 434-565 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Wolinella succinogenes (バクテリア) 遺伝子: YCHM, WS0651 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q7M9V0
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.53 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 60% Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月28日
放射	モノクロメーター: Si(111)double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 25303 / Num. obs: 25294 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14 % / B_iso Wilson estimate: 21.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 47.6
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 14.4 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique all: 1255 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU B: 6.175 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.132
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2278	1284	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1848	-	-	-
all	0.1871	25162	-	-
obs	0.1871	25162	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.92 Å² / B_iso mean: 24.7931 Å² / B_iso min: 5.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.34 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1966	0	14	138	2118

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2171
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.357	1.981	2950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.561	5	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.649	24.059	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.291	15	385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.765	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.366	1.5	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.375	2	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.597	3	825
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.618	4.5	775
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.809	3	2171

LS精密化シェル

解像度: 1.847→1.895 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	98	-
R_work	0.194	1662	-
all	-	1760	-
obs	-	1750	98.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.101	-0.0023	-0.0243	0.098	0.0575	0.2536	-0.0037	0.0012	-0.0041	0.0018	-0.0046	0.0001	0.0157	-0.0028	0.0083	0.0117	-0.0009	0.0008	0.0154	0.0009	0.0022	51.0615	18.0636	32.8502
2	0.1208	-0.0184	0.0074	0.0902	-0.0068	0.153	0.0014	0.0006	0.0029	-0.0013	-0.0065	0.0008	-0.0103	-0.0039	0.005	0.0122	-0.0001	0.0003	0.0159	0.0005	0.0034	53.4944	38.1438	50.985

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	434 - 565
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	434 - 565

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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