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- PDB-3of4: Crystal structure of a FMN/FAD- and NAD(P)H-dependent nitroreduct... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3of4
タイトルCrystal structure of a FMN/FAD- and NAD(P)H-dependent nitroreductase (nfnB, IL2077) from Idiomarina loihiensis L2TR at 1.90 A resolution
要素Nitroreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Unknown ligand / Nitroreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Idiomarina loihiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a FMN/FAD- and NAD(P)H-dependent nitroreductase (nfnB, IL2077) from Idiomarina loihiensis L2TR at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitroreductase
B: Nitroreductase
C: Nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,12739
ポリマ－70,5513
非ポリマー4,57636
水6,918384
1
A: Nitroreductase
B: Nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,69125
ポリマ－47,0342
非ポリマー2,65723
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13200 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area16640 Å2
手法PISA
2
C: Nitroreductase
ヘテロ分子

C: Nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,87128
ポリマ－47,0342
非ポリマー3,83726
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area12900 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area16820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.702, 74.051, 64.565
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.490, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Nitroreductase


分子量: 23517.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Idiomarina loihiensis (バクテリア)
遺伝子: nfnB, IL2077 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q5R179

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非ポリマー , 7種, 420分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1.60M ammonium sulfate, 20.00% Glycerol, 0.1M sodium acetate pH 4.6, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97920,0.97889
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月10日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.97921
30.978891
反射解像度: 1.9→29.197 Å / Num. obs: 52053 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 24.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 11.76
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.9-1.970.3541.8111119387187.9
1.97-2.050.2382.6112079509189.9
2.05-2.140.1773.4106749100190.2
2.14-2.250.134.6108709270190.9
2.25-2.390.0956111079517191.3
2.39-2.580.0747.7115299942192.1
2.58-2.840.05110.7111839679193.1
2.84-3.250.03216.5112019754193.6
3.25-4.080.01927.5111009713194.1
4.08-29.1970.01434.8113689995194.3

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.197 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 5.576 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.129
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 6. ACETATE ION (ACT), GLYCEROL (GOL), AND SULFATE ION (SO4) ARE MODELED FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION. 7. LIGAND MOLECULES FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE (FAD) AND FLAVIN MONONUCLEOTIDE (FMN) ARE MODELED BASED ON DENSITY. 8. AN UNKNOWN LIGAND (UNL) HAS BEEN MODELED NEAR FMN IN CHAINS A AND B. THE UNL RESEMBLES ADENINE MOIETY OF FAD AND OCCUPIES NCS RELATED EQUIVALENT POSITION OF THE SAME IN CHAIN C.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1937 2638 5.1 %RANDOM
Rwork0.1574 ---
obs0.1592 52053 98.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.03 Å2 / Biso mean: 36.2008 Å2 / Biso min: 14.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å20 Å2-0.03 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.197 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4907 0 315 384 5606
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225420
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023574
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5252.0087388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89938761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9515672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.42324.802252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.19215911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7321532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2819
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025915
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021044
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7641.53189
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2321.51287
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32825153
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.40932231
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5994.52208
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 197 -
Rwork0.225 3598 -
all-3795 -
obs--97.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.49720.274-0.12682.72930.89641.3419-0.08240.0064-0.13720.32540.147-0.06520.18890.1608-0.06460.07310.0554-0.00180.0895-0.02640.027249.326459.754223.1895
21.90720.0223-0.03472.09050.27322.1183-0.09970.1727-0.02420.04190.12890.23010.026-0.1502-0.02920.0234-0.00430.00830.0906-0.00720.038835.861966.17515.3016
31.109-0.2282-0.08681.21470.42812.4747-0.0875-0.00630.0621-0.0326-0.06910.0821-0.1011-0.14580.15660.02060.0114-0.0230.0119-0.0160.096444.417726.334159.5382
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 208
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 208
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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