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万見
- PDB-3oe9: Crystal structure of the chemokine CXCR4 receptor in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oe9
タイトルCrystal structure of the chemokine CXCR4 receptor in complex with a small molecule antagonist IT1t in P1 spacegroup
要素C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
キーワードSIGNALING PROTEIN / HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure / ATCG3D / 7TM / G protein-coupled receptor / GPCR / Signal transduction / chemotaxis / Cancer / HIV-1 co-receptor / Chemokine / CXCL12 / SDF1 / isothiourea / IT1t / Chimera / T4L Fusion / Membrane protein / Transmembrane / SINGNALING PROTEIN / PSI-Biology / GPCR Network
機能・相同性
機能・相同性情報


C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / neuron recognition / telencephalon cell migration / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / response to tacrolimus / response to ultrasound / Specification of primordial germ cells ...C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / neuron recognition / telencephalon cell migration / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / response to tacrolimus / response to ultrasound / Specification of primordial germ cells / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / myosin light chain binding / myelin maintenance / C-X-C chemokine receptor activity / regulation of programmed cell death / positive regulation of vasculature development / endothelial tube morphogenesis / endothelial cell differentiation / Signaling by ROBO receptors / regulation of chemotaxis / positive regulation of dendrite extension / Formation of definitive endoderm / C-C chemokine receptor activity / positive regulation of chemotaxis / C-C chemokine binding / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / Chemokine receptors bind chemokines / anchoring junction / dendritic cell chemotaxis / epithelial cell development / cellular response to cytokine stimulus / small molecule binding / cell leading edge / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / regulation of calcium ion transport / Binding and entry of HIV virion / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / regulation of cell adhesion / viral release from host cell by cytolysis / coreceptor activity / cardiac muscle contraction / neurogenesis / peptidoglycan catabolic process / ubiquitin binding / response to activity / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / brain development / G protein-coupled receptor activity / response to virus / neuron migration / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / late endosome / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of cold-induced thermogenesis / actin binding / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cytoplasmic vesicle / G alpha (i) signalling events / host cell cytoplasm / early endosome / response to hypoxia / lysosome / defense response to bacterium / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / external side of plasma membrane / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / cell surface / protein-containing complex / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 4 N-terminal domain / CXCR4 Chemokine receptor N terminal / CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / Chemokine receptor family / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme ...CXC chemokine receptor 4 N-terminal domain / CXCR4 Chemokine receptor N terminal / CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / Chemokine receptor family / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ITD / Endolysin / C-X-C chemokine receptor type 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo Sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wu, B. / Mol, C.D. / Han, G.W. / Katritch, V. / Chien, E.Y.T. / Liu, W. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure (ATCG3D) / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
著者: Wu, B. / Chien, E.Y. / Mol, C.D. / Fenalti, G. / Liu, W. / Katritch, V. / Abagyan, R. / Brooun, A. / Wells, P. / Bi, F.C. / Hamel, D.J. / Kuhn, P. / Handel, T.M. / Cherezov, V. / Stevens, R.C.
履歴
登録2010年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月2日Group: Structure summary
改定 1.32017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42021年10月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
B: C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,1844
ポリマ－113,3712
非ポリマー8132
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area43680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.497, 72.739, 84.273
Angle α, β, γ (deg.)64.66, 73.93, 61.31
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera / CXC-R4 / CXCR-4 / Stromal cell-derived factor 1 receptor / SDF-1 receptor / Fusin / Leukocyte- ...CXC-R4 / CXCR-4 / Stromal cell-derived factor 1 receptor / SDF-1 receptor / Fusin / Leukocyte-derived seven transmembrane domain receptor / LESTR / LCR1 / FB22 / NPYRL / HM89 / Lysis protein / Muramidase / Endolysin


分子量: 56685.508 Da / 分子数: 2
断片: CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319
変異: L125W, T240P, C1054T, C1097T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo Sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: CXCR4, CXCR4_HUMAN,E / プラスミド: pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P61073, UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-ITD / (6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate


分子量: 406.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H34N4S2
Has protein modificationY
配列の詳細THE PROTEIN IS A FUSION PROTEIN WITH RESIDUES ASN1002-TYR1161 OF T4 LYSOZYME INSERTED BETWEEN ...THE PROTEIN IS A FUSION PROTEIN WITH RESIDUES ASN1002-TYR1161 OF T4 LYSOZYME INSERTED BETWEEN HIS228 AND GLY231 OF CXCR4, AS INDICATED AS CXCR4-3 IN THE PUBLICATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 9

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: Lipidic cubic phase made of monoolein and cholesterol, 27-35% PEG400, 0.27-0.33M Sodium malonate, 5mM Hexamine cobalt chloride, 0.1M MES pH 6.0, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 24209 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 64.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 87.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8834 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2841 1238 5.11 %RANDOM
Rwork0.2521 ---
obs0.2537 24209 --
原子変位パラメータBiso mean: 105.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.3123 Å2-0.7209 Å22.5274 Å2
2--10.8426 Å23.4738 Å2
3----3.5303 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.821 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6726 0 54 0 6780
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2323SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes135HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1011HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6951HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion928SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7932SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6951HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9449HARMONIC21.4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.7
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.24 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2969 159 5.57 %
Rwork0.2729 2695 -
all0.2742 2854 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3063-0.1305-0.17571.5911.87723.93890.2796-0.12750.4144-0.2893-0.4561-0.0326-0.1982-0.27360.1765-0.3510.0846-0.03020.1647-0.0687-0.220616.47346.803512.9796
23.93971.34751.20994.09471.43151.203-0.0232-0.31730.03250.0768-0.1125-0.03530.0199-0.24590.1358-0.17270.0424-0.06990.308-0.0603-0.323514.4287-21.2173-21.6157
32.4927-0.97490.33191.12480.05963.1549-0.014-0.1143-0.2250.06610.0546-0.15010.127-0.0103-0.0405-0.231-0.0638-0.02660.12310.001-0.037417.7056-6.251918.1897
44.2595-0.1748-1.74882.1451-1.94126.10440.32540.1598-0.2068-0.2293-0.5696-0.15840.55440.31820.2442-0.09620.01920.0158-0.22560.0237-0.1974-16.6707-7.331512.0396
53.1694-0.791-0.9944.4694-0.98923.2848-0.2185-0.28260.08880.17490.4085-0.0891-0.0059-0.3252-0.19-0.21140.0340.071-0.02520.1198-0.2151-12.797820.4696-21.8853
62.4242-0.6137-1.32531.5655-2.68013.06710.0484-0.05970.11250.17020.03390.1186-0.21330.037-0.0822-0.0247-0.05160.1077-0.11180.0248-0.0226-18.58246.148316.8941
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|28 - A|228 }A28 - 228
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|1002 - A|1161 }A1002 - 1161
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|236 - A|303 }A236 - 303
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|35 - B|228 }B35 - 228
5X-RAY DIFFRACTION5{ B|1002 - B|1161 }B1002 - 1161
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|236 - B|303 }B236 - 303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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