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万見
- PDB-3odh: Structure of OkrAI/DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3odh
タイトルStructure of OkrAI/DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3')
  • OkrAI endonuclease
キーワードHYDROLASE/DNA / alpha and beta proteins (a/b) / restriction endonuclease-like / phosphodiesterase / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性Restriction Endonuclease - #20 / Restriction Endonuclease / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Oceanobacter kriegii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Vanamee, E.S. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Asymmetric DNA recognition by the OkrAI endonuclease, an isoschizomer of BamHI.
著者: Vanamee, E.S. / Viadiu, H. / Chan, S.H. / Ummat, A. / Hartline, A.M. / Xu, S.Y. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2010年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OkrAI endonuclease
B: OkrAI endonuclease
E: OkrAI endonuclease
F: OkrAI endonuclease
C: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,38014
ポリマ－102,1408
非ポリマー2406
水12,791710
1
A: OkrAI endonuclease
B: OkrAI endonuclease
C: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1907
ポリマ－51,0704
非ポリマー1203
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8360 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area16890 Å2
手法PISA
2
E: OkrAI endonuclease
F: OkrAI endonuclease
G: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1907
ポリマ－51,0704
非ポリマー1203
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8840 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area17380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.982, 83.075, 119.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
OkrAI endonuclease


分子量: 21873.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oceanobacter kriegii (バクテリア)
株: NEB strain collection / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3')


分子量: 3661.416 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 710 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 15-17% PEG 8000, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2calcium acetate11
3sodium cacodylate11
4PEG 800012
5calcium acetate12
6sodium cacodylate12

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 30786

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
CNS精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 14.766 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23374 1624 5 %RANDOM
Rwork0.15533 ---
obs0.15934 30786 88.83 %-
all-32438 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.335 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6007 972 6 710 7695
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0227221
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8712.1339974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2955770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.95423.87261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.808151079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1591544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.21107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8351.53845
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50226200
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.25933376
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2974.53774
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 92 -
Rwork0.209 2069 -
obs--82.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36270.09320.07230.3547-0.02560.4372-0.00670.0428-0.0017-0.02530.01120.01290.05620.0099-0.00440.0199-0.0003-0.00460.02780.00660.003712.744-11.24047.3144
20.55970.1759-0.02980.41590.11290.17590.02150.02860.1430.0415-0.01020.04790.02150.01-0.01140.0128-0.00460.00770.00870.00550.05138.864914.037519.4531
30.20230.0621-0.02720.3770.00650.2083-0.00580.0150.0098-0.06010.00830.0183-0.01490.0035-0.00250.032-0.0016-0.01030.02880.00110.005632.381746.520720.1438
40.2256-0.0573-0.04190.35080.02310.15190.0089-0.02590.03250.014400.01840.00210.0054-0.00890.0176-0.00380.00320.0351-0.01290.015228.516449.664548.1423
50.79360.14490.20060.29840.02370.0526-0.00670.055-0.05650.08310.01460.0263-0.00650.0112-0.00790.0303-0.01330.00990.04810.00250.020410.8768-4.138123.2535
60.80190.29850.64330.15060.23630.5551-0.0358-0.01420.03260.0298-0.0106-0.01450.0053-0.02050.04640.0675-0.0026-0.00730.0296-0.00270.037511.7913-3.182323.3393
71.1322-0.0459-0.12980.3172-0.01470.0167-0.00640.10270.0089-0.0030.01150.010.0026-0.0086-0.00510.02340.00880.00460.0522-0.00990.020131.062137.460335.1391
80.5153-0.42310.22890.3895-0.10870.3291-0.0633-0.0174-0.00790.02690.02280.0238-0.0285-0.01850.04050.0387-0.0103-0.00190.0542-0.00750.011731.013137.810935.9679
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 194
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 194
3X-RAY DIFFRACTION3E1 - 194
4X-RAY DIFFRACTION4F1 - 194
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 12
6X-RAY DIFFRACTION6D1 - 12
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 12
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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