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- PDB-3ocu: Structure of Recombinant Haemophilus Influenzae e(P4) Acid Phosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ocu
タイトルStructure of Recombinant Haemophilus Influenzae e(P4) Acid Phosphatase mutant D66N complexed with NMN
要素Lipoprotein E
キーワードHYDROLASE / outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
5-nucleotidase lipoprotein e(P4) / Acid phosphatase, class B-like / HAD superfamily, subfamily IIIB (Acid phosphatase) / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / Lipoprotein E
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Singh, H. / Schuermann, J. / Reilly, T. / Calcutt, M. / Tanner, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Recognition of nucleoside monophosphate substrates by Haemophilus influenzae class C acid phosphatase.
著者: Singh, H. / Schuermann, J.P. / Reilly, T.J. / Calcutt, M.J. / Tanner, J.J.
履歴
登録2010年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月24日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9803
ポリマ－29,6201
非ポリマー3602
水4,936274
1
A: Lipoprotein E
ヘテロ分子

A: Lipoprotein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9596
ポリマ－59,2402
非ポリマー7194
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area8300 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area18530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.758, 97.758, 106.432
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-470-

HOH

21A-471-

HOH

31A-473-

HOH

41A-475-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lipoprotein E / Outer membrane protein P4 / OMP P4


分子量: 29619.998 Da / 分子数: 1 / 変異: D66N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: periplasmic
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: hel, HI_0693, ompP4 / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P26093, acid phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NMN / BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE / ニコチンアミドモノヌクレオチド


分子量: 335.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N2O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細G30E SEQUENCE CONFLICT IN UNP ENTRY P26093

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 23-28% (w/v) PEG 3350, 0.05-0.2 M ammonium citrate dibasic, 0.05-0.15 mM MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 66003 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.729 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.35-1.49.40.60365111.4671100
1.4-1.459.40.46764891.4881100
1.45-1.529.50.34765271.5611100
1.52-1.69.50.26165211.581100
1.6-1.79.50.18865581.6621100
1.7-1.839.60.1465601.7441100
1.83-2.029.50.10665932.0281100
2.02-2.319.40.08866262.569199.9
2.31-2.919.30.05866941.943199.5
2.91-509.20.03369241.245198.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.2_432精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3et4

3et4


解像度: 1.35→31.999 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.928 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1536 3379 5.12 %
Rwork0.1353 --
obs0.1362 65943 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.023 Å2 / ksol: 0.426 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 46.18 Å2 / Biso mean: 15.4052 Å2 / Biso min: 6.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1545 Å20 Å20 Å2
2---1.1545 Å2-0 Å2
3---2.3089 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→31.999 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1919 0 23 274 2216
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062001
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1722711
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084273
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005359
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.198732
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.35-1.36930.24531320.21072550268299
1.3693-1.38980.2591450.18925672712100
1.3898-1.41150.19161290.163225712700100
1.4115-1.43460.18461520.150825572709100
1.4346-1.45940.17141570.137425722729100
1.4594-1.48590.18031350.129225722707100
1.4859-1.51450.16241300.122125752705100
1.5145-1.54540.16621380.113825732711100
1.5454-1.5790.14961410.111225852726100
1.579-1.61570.14251480.101225742722100
1.6157-1.65610.13591270.097626002727100
1.6561-1.70090.13121450.096925902735100
1.7009-1.7510.12881530.100825692722100
1.751-1.80750.12961350.104526102745100
1.8075-1.87210.13681480.10525852733100
1.8721-1.9470.1321590.109625902749100
1.947-2.03560.13691510.115426042755100
2.0356-2.14290.13741250.121426202745100
2.1429-2.27710.14661300.127326392769100
2.2771-2.45290.1631350.132726452780100
2.4529-2.69960.1441330.143526382771100
2.6996-3.090.15511310.15832686281799
3.09-3.8920.1671630.15082672283599
3.892-32.00780.15041370.15972820295798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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