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- PDB-3ocr: Crystal structure of aldolase II superfamily protein from Pseudom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ocr
タイトルCrystal structure of aldolase II superfamily protein from Pseudomonas syringae
要素Class II aldolase/adducin domain protein
キーワードLYASE / PSI-2 / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


monosaccharide metabolic process / actin filament binding / cytoskeleton
類似検索 - 分子機能
: / L-fuculose-1-phosphate Aldolase / Class II aldolase/adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Class II aldolase/adducin domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. phaseolicola 1448A (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Chang, C. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of aldolase II superfamily protein from Pseudomonas syringae
著者: Chang, C. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class II aldolase/adducin domain protein
B: Class II aldolase/adducin domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5743
ポリマ－59,4782
非ポリマー961
水6,035335
1
A: Class II aldolase/adducin domain protein

A: Class II aldolase/adducin domain protein

A: Class II aldolase/adducin domain protein

A: Class II aldolase/adducin domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,9574
ポリマ－118,9574
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area11150 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area37160 Å2
手法PISA
2
B: Class II aldolase/adducin domain protein
ヘテロ分子

B: Class II aldolase/adducin domain protein
ヘテロ分子

B: Class II aldolase/adducin domain protein
ヘテロ分子

B: Class II aldolase/adducin domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,3418
ポリマ－118,9574
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area10670 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area37360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.407, 74.407, 179.909
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-334-

HOH

21A-353-

HOH

31B-290-

HOH

41B-335-

HOH

51B-351-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Class II aldolase/adducin domain protein


分子量: 29739.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. phaseolicola 1448A (バクテリア)
株: 1448A / Race 6 / 遺伝子: PSPPH_2884 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)gold / 参照: UniProt: Q48HR6
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.24 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG4K 30%, Ammonium Acetate 0.2M, tri-Na-Citrate 0.1M, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月12日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 37960 / Num. obs: 37674 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 21.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 40.4
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Num. unique all: 1808 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
Cootモデル構築
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 9.405 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.167
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2398 1882 5 %RANDOM
Rwork0.183 ---
all0.1858 39490 --
obs0.1858 37608 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.32 Å2 / Biso mean: 35.437 Å2 / Biso min: 18.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.62 Å20 Å20 Å2
2---2.62 Å20 Å2
3---5.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3852 0 5 335 4192
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0214174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2851.9355706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4165543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.99323.204206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.48715658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9211538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3551.52614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.44224208
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.53531560
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.154.51498
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.36434174
LS精密化 シェル解像度: 1.947→1.997 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 109 -
Rwork0.215 2491 -
all-2600 -
obs-2600 98.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.40350.05980.08260.2880.04670.0867-0.00610.0136-0.0016-0.01780.00390.02310.00120.00870.00220.2215-0.0021-0.00060.2186-0.00040.202711.0898.71959.281
20.0895-0.03980.03380.07640.00190.0111-0.0001-0.00270.01170.003-0.00750.01170.005-0.00080.00760.2191-0.00060.00150.22-0.00080.204520.6213.78679.101
30.24040.3837-0.02910.96810.41280.6648-0.06670.11690.0916-0.07310.0940.02240.0144-0.0166-0.02730.225-0.0204-0.01220.26420.03420.210225.64317.41656.763
40.41640.18520.26830.6729-0.24720.6198-0.0328-0.05190.09310.0462-0.0018-0.008-0.0441-0.05640.03460.22770.0114-0.00320.2298-0.01130.177120.45322.03129.406
50.0744-0.1051-0.01890.1293-0.00780.0041-0.00680.00110.0115-0.00320.0030.0194-0.0034-0.00780.00380.2205-0.0002-0.00060.22160.00010.19619.6612.1919.757
60.20330.208-0.14420.83010.3360.38620.035-0.0154-0.03110.019-0.0217-0.025-0.0196-0.0271-0.01340.21770.0013-0.00320.2294-0.00150.191116.8295.48832.316
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2A106 - 246
3X-RAY DIFFRACTION3A247 - 271
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 105
5X-RAY DIFFRACTION5B106 - 246
6X-RAY DIFFRACTION6B247 - 271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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