+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3och | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Chemically Self-assembled Antibody Nanorings (CSANs): Design and Characterization of an Anti-CD3 IgM Biomimetic | ||||||
![]() | Dihydrofolate reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process ...methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cody, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Chemically Self-Assembled Antibody Nanorings (CSANs): Design and Characterization of an Anti-CD3 IgM Biomimetic. 著者: Li, Q. / So, C.R. / Fegan, A. / Cody, V. / Sarikaya, M. / Vallera, D.A. / Wagner, C.R. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 60.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 689.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 697.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1rh3S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18020.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-2MX / ( | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.07 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 14-24% PEG 6K, 200 mM MnCl2, 18-24 mM KPO4, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月21日 / 詳細: Si crystal |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→25 Å / Num. all: 55833 / Num. obs: 32398 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 27.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.89 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1900 / Rsym value: 0.16 / % possible all: 98.3 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1rh3 解像度: 1.79→23.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 2.544 / SU ML: 0.082 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.013 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.207 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→23.2 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.794→1.84 Å / Total num. of bins used: 20
|