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- PDB-3ocd: Diheme SoxAX - C236M mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ocd
タイトルDiheme SoxAX - C236M mutant
要素
  • SoxA
  • SoxX
キーワードHeme-binding protein / Cytochrome / Thiosulfate oxidation pathway / Heme-binding protein-Heme-binding protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


L-cysteine S-thiosulfotransferase / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, cytochrome as acceptor / sulfur oxidation / sulfurtransferase activity / cytochrome complex / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / periplasmic space / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding ...L-cysteine S-thiosulfotransferase / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, cytochrome as acceptor / sulfur oxidation / sulfurtransferase activity / cytochrome complex / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / periplasmic space / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / copper ion binding / protein heterodimerization activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sulfur oxidation c-type cytochrome SoxX, type II / L-cysteine S-thiosulfotransferase subunit SoxA / Sulfur oxidation c-type cytochrome SoxX / SoxA/TsdA, cytochrome c domain / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily ...Sulfur oxidation c-type cytochrome SoxX, type II / L-cysteine S-thiosulfotransferase subunit SoxA / Sulfur oxidation c-type cytochrome SoxX / SoxA/TsdA, cytochrome c domain / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / L-cysteine S-thiosulfotransferase subunit SoxA / SoxX / L-cysteine S-thiosulfotransferase subunit SoxA
類似検索 - 構成要素
生物種Starkeya novella (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Maher, M.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Diheme SoxAX proteins - insights into structure and function of the active site
著者: Kilmartin, J. / Maher, M.J. / Krusong, K. / Hanson, G.R. / Bernhardt, P.V. / Riley, M. / Kappler, U.
履歴
登録2010年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SoxA
B: SoxX
C: SoxA
D: SoxX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,6778
ポリマ－106,2034
非ポリマー2,4744
水77543
1
A: SoxA
B: SoxX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3394
ポリマ－53,1022
非ポリマー1,2372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18380 Å2
手法PISA
2
C: SoxA
D: SoxX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3394
ポリマ－53,1022
非ポリマー1,2372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.496, 66.031, 85.887
Angle α, β, γ (deg.)112.59, 94.33, 90.02
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Heterodimer composed of SoxA and SoxX subunits (chains A and B; chains C and D)

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要素

#1: タンパク質 SoxA


分子量: 30751.395 Da / 分子数: 2 / 変異: C236M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Starkeya novella (バクテリア) / 発現宿主: Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7BQR6, UniProt: D7A6E5*PLUS
#2: タンパク質 SoxX


分子量: 22350.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Starkeya novella (バクテリア) / 発現宿主: Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7BQR5
#3: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.01M spermidine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5412 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月2日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5412 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.508
11-H, K, -K-L20.492
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 1 / Num. obs: 41134 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / % possible all: 86.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3OA8

3oa8


解像度: 2.25→41.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 6.25 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25737 2086 5.1 %RANDOM
Rwork0.22117 ---
obs0.22303 39044 90.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.757 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-25.3 Å20.76 Å2-4.53 Å2
2--0.48 Å20.72 Å2
3----25.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→41.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6282 0 172 43 6497
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226663
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1572.0489094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4055828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.10723.901282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.05151096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6271550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2951
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215126
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3841.54096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.69826587
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.08532567
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7084.52499
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.249→2.307 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 150 -
Rwork0.221 2735 -
obs--85.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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