PDB-3obk: Crystal structure of delta-aminolevulinic acid dehydratase (porph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3obk

タイトル

Crystal structure of delta-aminolevulinic acid dehydratase (porphobilinogen synthase) from toxoplasma gondii ME49 in complex with the reaction product porphobilinogen

要素

Delta-aminolevulinic acid dehydratase

キーワード

LYASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / DEHYDRATASE

機能・相同性

Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / Chem-PBG / :

機能・相同性情報

生物種

Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Toxoplasma gondii Porphobilinogen Synthase: INSIGHTS ON OCTAMERIC STRUCTURE AND PORPHOBILINOGEN FORMATION.
著者: Jaffe, E.K. / Shanmugam, D. / Gardberg, A. / Dieterich, S. / Sankaran, B. / Stewart, L.J. / Myler, P.J. / Roos, D.S.

履歴

登録	2010年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3obk.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3obk.ent.gz	881.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3obk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/3obk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/3obk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1b4kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3r1m-1 2c14-1 5mke-d 2c16-1 1w54-1 3zds-1 1w5n-1 6d1w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: TogoA.17087.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Delta-aminolevulinic acid dehydratase

B: Delta-aminolevulinic acid dehydratase

C: Delta-aminolevulinic acid dehydratase

D: Delta-aminolevulinic acid dehydratase

E: Delta-aminolevulinic acid dehydratase

F: Delta-aminolevulinic acid dehydratase

G: Delta-aminolevulinic acid dehydratase

H: Delta-aminolevulinic acid dehydratase

ヘテロ分子

320 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.110, 187.170, 95.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	1 - 356
2	1	1	4	B	1 - 356
3	1	1	4	C	1 - 356
4	1	1	4	D	1 - 356
5	1	1	4	E	1 - 356
6	1	1	4	F	1 - 356
7	1	1	4	G	1 - 356
8	1	1	4	H	1 - 356

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Delta-aminolevulinic acid dehydratase 分子量: 39542.141 Da / 分子数: 8 / 断片: residues 303-658 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ) 遺伝子: TGME49_053900 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B6KNM2, porphobilinogen synthase

#1: タンパク質

Delta-aminolevulinic acid dehydratase

分子量: 39542.141 Da / 分子数: 8 / 断片: residues 303-658 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)
遺伝子: TGME49_053900 / プラスミド: PET3A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B6KNM2, porphobilinogen synthase

-
非ポリマー , 5種, 637分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PBG / 3-[5-(AMINOMETHYL)-4-(CARBOXYMETHYL)-1H-PYRROL-3-YL]PROPANOIC ACID / 2-AMINOMETHYLPYRROL-3-ACETIC ACID 4-PROPIONIC ACID / PORPHOBILINOGEN / 5-(AMINOMETHYL)-4-(CARBOXYMETHYL)-1H-PYRROLE-3-PROPANOIC ACID / ポルホビリノ-ゲン分子量: 226.229 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₂O₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 586 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 90% PACT SCREEN CONDITION E4 + 10% ADDIT SCREEN D7: 0.18 M KSCN, 18% PEG 3350, 3% W/V DIAMINOOCTANE, 5 MM AMINOLEVULINIC ACID, TOGOA.17087.A.Y2 AT 6.3 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, ...詳細: 90% PACT SCREEN CONDITION E4 + 10% ADDIT SCREEN D7: 0.18 M KSCN, 18% PEG 3350, 3% W/V DIAMINOOCTANE, 5 MM AMINOLEVULINIC ACID, TOGOA.17087.A.Y2 AT 6.3 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K, pH 7.00, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.65 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 90% PACT SCREEN CONDITION E4 + 10% ADDIT SCREEN D7: 0.18 M KSCN, 18% PEG 3350, 3% W/V DIAMINOOCTANE, 5 MM AMINOLEVULINIC ACID, TOGOA.17087.A.Y2 AT 6.3 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→49.93 Å / Num. all: 110745 / Num. obs: 109171 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.04 % / B_iso Wilson estimate: 31.45 Å² / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 3.56 % / R_merge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 90.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1B4K

1b4k

解像度: 2.5→49.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 17.723 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.232	5439	5 %	RANDOM
R_work	0.177	-	-	-
all	0.18	110745	-	-
obs	0.18	108861	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.7 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21476	0	228	586	22290

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	22086
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	15087
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.497	1.993	29857
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.928	3	36850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.107	5	2810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.506	24.17	916
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.417	15	3755
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.266	15	143
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	3280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	24670
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4229
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.503	1.5	14075
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.123	1.5	5633
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.974	2	22496
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.678	3	8011
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.816	4.5	7360
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 4385 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	medium positional	0.28	0.5
B	medium positional	0.27	0.5
C	medium positional	0.28	0.5
D	medium positional	0.22	0.5
E	medium positional	0.21	0.5
F	medium positional	0.23	0.5
G	medium positional	0.25	0.5
H	medium positional	0.26	0.5
A	medium thermal	0.57	2
B	medium thermal	0.48	2
C	medium thermal	0.55	2
D	medium thermal	0.48	2
E	medium thermal	0.45	2
F	medium thermal	0.44	2
G	medium thermal	0.45	2
H	medium thermal	0.44	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	361	-
R_work	0.273	6927	-
obs	-	-	90.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6787	-0.173	-0.1495	0.5037	0.0824	0.6176	0.033	-0.0494	0.0546	-0.0113	-0.0056	-0.0714	-0.0927	0.0106	-0.0274	0.0623	-0.0178	0.0132	0.0101	0.0046	0.1002	-35.493	-29.093	36.125
2	0.2031	0.1597	-0.2079	0.3813	0.085	0.4972	0.0295	0.0034	0.0125	-0.0151	-0.0059	0.0109	-0.0414	-0.0412	-0.0237	0.107	0.0075	0.0264	0.0425	0.008	0.0889	-42.385	-32.31	33.08
3	0.4966	0.0176	0.2479	0.3926	-0.0225	0.4896	0.0402	0.0306	0.0332	-0.1289	-0.0188	0.1454	-0.0414	-0.1696	-0.0213	0.1472	0.0244	-0.0121	0.1089	0.0134	0.0961	-62.912	-42.276	20.861
4	0.4393	-0.0237	0.0511	0.9425	0.1835	0.9272	0.03	0.0525	-0.0153	-0.0798	-0.0577	0.0754	-0.0572	-0.073	0.0277	0.1165	0.0035	0.0173	0.0534	0.0099	0.0906	-56.214	-39.789	24.703
5	1.429	0.0524	0.0183	0.4927	-0.0454	0.4274	0.031	-0.0313	0.0827	0.0845	-0.0116	0.1016	-0.1105	-0.0562	-0.0194	0.1236	0.0175	0.032	0.0304	-0.0146	0.0656	-67.736	-27.053	60.231
6	0.8854	-0.0693	-0.148	0.8149	-0.295	0.5584	0.0066	-0.0152	0.0211	0.1603	0.0436	-0.0107	-0.117	-0.0154	-0.0502	0.1607	0.0027	0.0344	0.038	-0.007	0.071	-61.218	-30.056	63.978
7	1.0688	0.0852	0.2436	0.4412	-0.0581	0.5106	0.055	-0.16	0.0277	0.2294	-0.0565	-0.1095	-0.1153	0.1281	0.0015	0.2049	-0.0393	-0.0333	0.0924	-0.0021	0.0881	-40.835	-39.033	76.989
8	0.3187	0.1555	-0.1294	0.5653	-0.301	0.669	0.028	-0.0292	0.0364	0.1841	-0.024	-0.0825	-0.1275	0.0924	-0.0039	0.1983	-0.0199	-0.0041	0.0745	-0.0109	0.0838	-47.547	-36.806	73.095
9	1.1221	0.0253	0.1085	0.6493	-0.1443	0.4252	-0.0034	0.0778	-0.0694	-0.1255	-0.0201	-0.16	0.173	0.0886	0.0234	0.1716	0.0269	0.0551	0.0244	-0.0166	0.1256	-34.23	-70.265	26.198
10	0.6656	0.0027	-0.0794	1.0143	-0.3867	0.4675	0.006	0.014	-0.0388	-0.1424	-0.0509	-0.0758	0.1219	-0.0016	0.045	0.1739	0.021	0.0297	0.0328	-0.0106	0.098	-41.926	-72.503	28.574
11	0.7318	0.0564	0.0627	0.6474	-0.1207	0.6987	-0.0266	0.0485	-0.1032	-0.1145	0.0317	0.1388	0.2607	-0.12	-0.0051	0.1992	-0.0628	-0.0032	0.0474	-0.0184	0.1196	-65.012	-81.799	35.907
12	0.254	0.3259	-0.1188	0.5338	-0.1528	0.8019	-0.0238	0.0419	-0.032	-0.0838	0.0307	0.0354	0.2066	-0.029	-0.0069	0.1943	-0.0182	-0.0108	0.0441	-0.022	0.1147	-57.399	-79.06	34.012
13	1.16	0.0265	0.1179	0.7166	-0.0176	0.7612	-0.0027	-0.0936	-0.0096	0.1592	-0.0446	-0.1579	0.1235	0.1498	0.0472	0.1846	0.0421	-0.009	0.0532	0.0328	0.1045	-39.409	-80.063	67.26
14	0.5534	0.0989	0.0135	0.9397	0.4761	0.288	-0.021	-0.0686	0.0069	0.1407	0.0203	-0.0791	0.0792	0.0636	0.0007	0.2033	0.0178	-0.0025	0.0658	0.0285	0.1056	-46.926	-76.978	68.442
15	1.1607	0.0775	0.0287	0.9039	-0.0427	0.5323	-0.0003	-0.0837	-0.0616	0.1843	0.0295	0.2039	0.0796	-0.0857	-0.0292	0.1859	-0.0095	0.0722	0.0406	0.0375	0.1185	-69.993	-66.758	75.25
16	0.3651	0.1216	-0.1106	1.4702	0.1535	0.6002	-0.0415	0.0007	-0.0367	0.1906	-0.0196	0.1324	0.1081	0.02	0.0611	0.1792	-0.0095	0.0416	0.0558	0.0091	0.1026	-62.391	-69.372	73.185

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 213
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	214 - 356
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 213
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	214 - 356
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 213
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	214 - 356
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 213
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	214 - 356
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	1 - 213
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	214 - 356
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	1 - 213
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	214 - 356
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	1 - 213
14	X-RAY DIFFRACTION	14	G	214 - 356
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	1 - 213
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	214 - 356

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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