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- PDB-3obb: Crystal structure of a possible 3-hydroxyisobutyrate Dehydrogenas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3obb
タイトルCrystal structure of a possible 3-hydroxyisobutyrate Dehydrogenase from pseudomonas aeruginosa pao1
要素Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta / Serine Dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-serine 3-dehydrogenase (NAD+) / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase activity / L-serine catabolic process / branched-chain amino acid catabolic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / NADP binding / protein homotetramerization
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related, conserved site / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase signature. / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like, NAD-binding domain / NAD-binding of NADP-dependent 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 ...3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related, conserved site / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase signature. / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like, NAD-binding domain / NAD-binding of NADP-dependent 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NAD-dependent L-serine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tan, K. / Singer, A.U. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Yakunin, A.F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Biochemical and Structural Studies of Uncharacterized Protein PA0743 from Pseudomonas aeruginosa Revealed NAD+-dependent L-Serine Dehydrogenase.
著者: Tchigvintsev, A. / Singer, A. / Brown, G. / Flick, R. / Evdokimova, E. / Tan, K. / Gonzalez, C.F. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2010年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年8月18日ID: 3CUM
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月23日Group: Database references
改定 1.32012年2月1日Group: Database references
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1096
ポリマ－31,6321
非ポリマー4785
水1,40578
1
A: Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,43824
ポリマ－126,5284
非ポリマー1,91020
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+2/31
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+2/31
Buried area18120 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area40000 Å2
手法PISA
2
A: Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,21912
ポリマ－63,2642
非ポリマー95510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+2/31
Buried area7230 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area21830 Å2
手法PISA
3
A: Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,21912
ポリマ－63,2642
非ポリマー95510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_556-x+y,y,-z+11
Buried area5270 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area23790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.611, 92.611, 124.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
詳細Gel filtration and PISA both support that the protein exists as a tetramer.

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要素

#1: タンパク質 Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase


分子量: 31631.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TEV cleavage / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 / 遺伝子: PA0743 / プラスミド: P11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I5I6, EC: 1.1.1.276
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 4M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月1日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: SI 111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30.32 Å / Num. obs: 16608 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 32.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.747 / Mean I/σ(I) obs: 3.56 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: none

解像度: 2.2→30.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 12.109 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24774 837 5.1 %RANDOM
Rwork0.19653 ---
obs0.19908 15695 99.57 %-
all-16532 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.008 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2135 0 31 78 2244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222229
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6491.9862978
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9745295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.33224.51282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.72415350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.41512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.21086
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21500
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.294
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2120.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.120.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8051.51494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23522295
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3823782
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0634.5682
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.203→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 57 -
Rwork0.261 1141 -
obs-1142 99.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3078-0.127-2.31940.7305-1.39526.5393-0.32730.4732-0.38040.00180.11220.24561.2321-0.68370.21510.1758-0.26440.0761-0.0345-0.0877-0.0068-10.407425.019547.232
20.86050.27060.01831.2410.01571.4505-0.0413-0.06910.01170.15110.1110.07610.0019-0.0219-0.0696-0.06160.01330.0407-0.10880.0271-0.078710.71944.163250.3607
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2A167 - 296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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