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- PDB-3oa7: Structure of the C-terminal domain of Cnm67, a core component of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oa7
タイトルStructure of the C-terminal domain of Cnm67, a core component of the spindle pole body of Saccharomyces cerevisiae
要素Head morphogenesis protein, Chaotic nuclear migration protein 67 fusion protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / coiled coils / spindle pole body
機能・相同性
機能・相同性情報


outer plaque of mitotic spindle pole body / spindle pole body organization / outer plaque of spindle pole body / central plaque of spindle pole body / viral scaffold / regulation of microtubule nucleation / spindle pole body / sporulation resulting in formation of a cellular spore / virion assembly / mitotic spindle organization ...outer plaque of mitotic spindle pole body / spindle pole body organization / outer plaque of spindle pole body / central plaque of spindle pole body / viral scaffold / regulation of microtubule nucleation / spindle pole body / sporulation resulting in formation of a cellular spore / virion assembly / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / structural constituent of cytoskeleton / cell division / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Septation initiation Sid4-like / Septation initiation / Bacteriophage phi-29 scaffolding protein Gp7 / Capsid assembly scaffolding protein Gp7 / Phi29 scaffolding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid assembly scaffolding protein / Chaotic nuclear migration protein 67
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus phage phi29 (ファージ)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Klenchin, V.A. / Frye, J.J. / Rayment, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure-function analysis of the C-terminal domain of CNM67, a core component of the Saccharomyces cerevisiae spindle pole body.
著者: Klenchin, V.A. / Frye, J.J. / Jones, M.H. / Winey, M. / Rayment, I.
履歴
登録2010年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年6月22日Group: Database references
改定 1.32017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / entity_src_gen / software / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Head morphogenesis protein, Chaotic nuclear migration protein 67 fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2821
ポリマ－24,2821
非ポリマー00
水32418
1
A: Head morphogenesis protein, Chaotic nuclear migration protein 67 fusion protein

A: Head morphogenesis protein, Chaotic nuclear migration protein 67 fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5632
ポリマ－48,5632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area12310 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area21310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.760, 198.563, 53.232
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-585-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Head morphogenesis protein, Chaotic nuclear migration protein 67 fusion protein / Late protein GP7-Cnm67 fusion protein


分子量: 24281.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus phage phi29 (ファージ), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: 7, CNM67, YNL225C, N1264 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13848, UniProt: P53865
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 10% monomethyl PEG 5000, 1.0M tetramethyl ammonium chloride, 100 mM CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月16日
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 14536 / Num. obs: 14536 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 13.059 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27069 719 5.1 %RANDOM
Rwork0.23765 ---
obs0.23931 13508 99.66 %-
all-13554 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 81.842 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.43 Å20 Å20 Å2
2---1.39 Å20 Å2
3----1.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1585 0 0 18 1603
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221610
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6771.9772170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0585191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.97824.58885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.57315310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6451513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.2836965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.62601565
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.1948645
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it14.29280605
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 51 -
Rwork0.272 955 -
obs--99.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.96740.17140.764513.2604-3.94454.6061-0.19-0.610.23720.39030.19180.3283-0.0583-0.1271-0.00180.14740.04930.05410.2837-0.0220.211227.09472.83416.602
21.7156-0.0161-1.251.52260.77652.77880.2716-0.0396-0.00230.0051-0.04310.0244-0.06080.0449-0.22860.05550.0082-0.02120.23610.00990.051530.394145.28815.365
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 50
2X-RAY DIFFRACTION1A429 - 432
3X-RAY DIFFRACTION2A433 - 573

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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