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- PDB-3o7x: Crystal structure of human Hili PAZ domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o7x
タイトルCrystal structure of human Hili PAZ domain
要素Piwi-like protein 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Piwi / RNA silencing / pi-RNA / Hiwi1 / Hili / PAZ domain
機能・相同性
機能・相同性情報


perinucleolar chromocenter / pi-body / transposable element silencing by mRNA destabilization / PET complex / secondary piRNA processing / positive regulation of meiosis I / piRNA binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / piRNA processing ...perinucleolar chromocenter / pi-body / transposable element silencing by mRNA destabilization / PET complex / secondary piRNA processing / positive regulation of meiosis I / piRNA binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / piRNA processing / transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / transposable element silencing by heterochromatin formation / germ-line stem cell population maintenance / negative regulation of circadian rhythm / chromatoid body / dense body / positive regulation of cytoplasmic translation / P granule / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / oogenesis / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / RNA endonuclease activity / meiotic cell cycle / rhythmic process / spermatogenesis / mRNA binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Piwi, N-terminal domain / paz domain / paz domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi ...Piwi, N-terminal domain / paz domain / paz domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Beta Complex / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Piwi-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9248 Å
データ登録者Tian, Y. / Simanshu, D.K. / Ma, J.-B. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Inaugural Article: Structural basis for piRNA 2'-O-methylated 3'-end recognition by Piwi PAZ (Piwi/Argonaute/Zwille) domains.
著者: Tian, Y. / Simanshu, D.K. / Ma, J.B. / Patel, D.J.
履歴
登録2010年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Piwi-like protein 2
B: Piwi-like protein 2
C: Piwi-like protein 2
D: Piwi-like protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6874
ポリマ－65,6874
非ポリマー00
水1629
1
A: Piwi-like protein 2

A: Piwi-like protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8432
ポリマ－32,8432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y,-z+1/21
Buried area2540 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area13940 Å2
手法PISA
2
B: Piwi-like protein 2
C: Piwi-like protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8432
ポリマ－32,8432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area12280 Å2
手法PISA
3
D: Piwi-like protein 2

D: Piwi-like protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8432
ポリマ－32,8432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_856-x+3,y,-z+3/21
Buried area2280 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area13410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.535, 142.949, 226.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and (resseq 16:89 or resseq 106:114 )A16 - 89
121chain A and (resseq 16:89 or resseq 106:114 )A106 - 114
211chain B and (resseq 16:89 or resseq 106:114 )B16 - 89
221chain B and (resseq 16:89 or resseq 106:114 )B106 - 114
311chain C and (resseq 16:89 or resseq 106:114 )C16 - 89
321chain C and (resseq 16:89 or resseq 106:114 )C106 - 114
411chain D and (resseq 16:89 or resseq 106:114 )D16 - 89
421chain D and (resseq 16:89 or resseq 106:114 )D106 - 114

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要素

#1: タンパク質
Piwi-like protein 2 / Cancer/testis antigen 80 / CT80


分子量: 16421.713 Da / 分子数: 4 / 断片: PAZ domain (UNP Residues 389-525) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIWIL2, HILI / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8TC59
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 4-8% PEG4000 and 50 mM MgSO4 in 50 mM MES buffer, pH 5.6 to 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
詳細: Cryogenically-cooled single crystal Si(111) side bounce monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.9 % / Av σ(I) over netI: 20.23 / 数: 78673 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.54 / D res high: 3 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 13333 / % possible obs: 97.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.443099.510.0573.9025.8
5.126.4410010.0731.8036.2
4.485.1210010.0561.5246.3
4.074.4810010.0611.1926.4
3.784.0799.910.0951.0936.4
3.563.7810010.1341.0756.4
3.383.5610010.181.1046.3
3.233.3898.510.2181.0715.7
3.113.2396.710.2371.0744.9
33.1180.210.2691.2294.1
反射解像度: 2.92→50 Å / Num. obs: 14092 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.103 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.92-3.024.70.30739720.90967.2
3.02-3.155.30.28212390.9686
3.15-3.296.20.25514220.96898.3
3.29-3.467.30.22514451.05799.1
3.46-3.687.80.16814771.115100
3.68-3.967.80.11314591.157100
3.96-4.367.90.08414741.14100
4.36-4.997.70.06914951.086100
4.99-6.297.30.07315011.22499.9
6.29-506.30.05316081.20499.7

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
PHENIX1.4_153精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9248→44.385 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.37 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 32.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2934 1332 9.98 %
Rwork0.2459 --
obs0.2506 13346 90.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.941 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 135.33 Å2 / Biso mean: 75.2692 Å2 / Biso min: 29.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.3214 Å20 Å2-0 Å2
2--14.8512 Å20 Å2
3----30.1726 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9248→44.385 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3578 0 0 9 3587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053648
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8874938
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052551
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003637
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5321340
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A690X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.057
12B690X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.057
13C690X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.061
14D694X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.063
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9248-3.02940.4515730.349171178455
3.0294-3.15060.36751100.3188951106173
3.1506-3.2940.38171250.29151162128789
3.294-3.46760.32261330.29581216134993
3.4676-3.68470.33161460.26981273141996
3.6847-3.96910.32321410.25721278141997
3.9691-4.36820.27211450.2151310145599
4.3682-4.99950.22911510.19491334148599
4.9995-6.2960.24131490.225913431492100
6.296-44.39050.28891590.235614361595100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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