[日本語] English
万見
- PDB-3o7o: Use of synthetic symmetrization in the crystallization and struct... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o7o
タイトルUse of synthetic symmetrization in the crystallization and structure determination of CelA from Thermotoga maritima
要素Endoglucanase
キーワードHYDROLASE / Macromolecular crystallization / Synthetic symmetrization / Protein design / Oligomer / lattice contact / Disulfide bond
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 12 / Glycosyl hydrolase family 12 / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Endoglucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Forse, G.J. / Ram, N. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Synthetic symmetrization in the crystallization and structure determination of CelA from Thermotoga maritima.
著者: Forse, G.J. / Ram, N. / Banatao, D.R. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Klock, H.E. / Lesley, S.A. / Yeates, T.O.
履歴
登録2010年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
B: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9169
ポリマ－61,3572
非ポリマー5597
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9184
ポリマ－30,6791
非ポリマー2403
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9985
ポリマ－30,6791
非ポリマー3204
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.028, 114.028, 98.818
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

#1: タンパク質 Endoglucanase


分子量: 30678.537 Da / 分子数: 2 / 変異: D188C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM1524, TM_1524 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9S5X8
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.0259.31
2
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.2 M NaBr, 0.1 M TRIS-HCl pH 8.3, 42% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C10.9794
シンクロトロンAPS 24-ID-E20.9791
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2010年4月25日
ADSC QUANTUM 3152CCD2010年4月26日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97911
Reflection数: 101738 / Rmerge(I) obs: 0.095 / D res high: 2.3 Å / Num. obs: 55558 / % possible obs: 86.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
2.32.36397483.112.082
2.362.43401486.411.744
2.432.5391786.811.287
2.52.57377986.511.049
2.572.66371386.610.739
2.662.75356286.710.507
2.752.86344987.110.394
2.862.97330786.910.299
2.973.1321387.210.203
3.13.26303787.210.146
3.263.43291187.310.102
3.433.64274786.910.078
3.643.89258587.610.062
3.894.2238986.710.054
4.24.6219986.710.045
4.65.15197486.210.043
5.155.9417168510.044
5.947.28146385.610.042
7.2810.29109782.910.036
10.2969.8515126910.034
反射解像度: 2.4→98.75 Å / Num. obs: 27835 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 85.7

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX位相決定
直接法位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Adxvdata processing
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.41→20.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9031 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8683 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2157 1404 5.09 %RANDOM
Rwork0.1756 ---
obs0.1776 27569 --
原子変位パラメータBiso max: 180.77 Å2 / Biso mean: 46.3234 Å2 / Biso min: 22.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.4833 Å20 Å20 Å2
2---10.4833 Å20 Å2
3---20.9667 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.319 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→20.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4316 0 7 72 4395
拘束条件
Refine-IDタイプ数WeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d14822
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes1062
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes6375
X-RAY DIFFRACTIONt_it446420
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd15
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion5375
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact48154
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d446420.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg606221.1
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.65
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.34
LS精密化 シェル解像度: 2.41→2.5 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3515 119 4.13 %
Rwork0.2889 2763 -
all0.2913 2882 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.91010.09181.08361.5607-0.26622.36880.0622-0.24680.490.0804-0.1306-0.0147-0.28670.00060.0684-0.0927-0.0532-0.0346-0.1221-0.0219-0.049460.134668.441568.7225
21.54450.1723-0.0961.7422-0.57782.58660.01190.0788-0.0157-0.04030.0357-0.0032-0.2158-0.2612-0.0476-0.0955-0.06610.0547-0.00670.0281-0.126287.856448.882343.997
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 264
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 262

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る